業績リスト

 

 

原著論文(全て査読有り)

1.       S. G. Itoh, M. Yagi-Utsumi, K. Kato, and H. Okumura: “Key residue for aggregation of amyloid-β peptides”, ACS Chem. Neurosci. 13 (2022) 3139–3151.

2.       M. Yamauchi, G. La Penna, S. G. Itoh, and H. Okumura: “Implementations of replica-permutation and replica sub-permutation methods into LAMMPS”, Comput. Phys. Commun. 276 (2022) 108362 (12 pages).

3.       D. Fukuhara, S. G. Itoh, and H. Okumura: “Replica permutation with solute tempering for molecular dynamics simulation and its application to the dimerization of amyloid-β fragments”, J. Chem. Phys. 156 (2022) 084109 (12 pages).

4.       K. Miyazawa, S. G. Itoh, Y. Yoshida, K. Arakawa, and H. Okumura: “Tardigrade secretory-abundant heat-soluble protein varies entrance propensity depending on the amino-acid sequence”, J. Phys. Chem. B 126 (2022) 2361–2368.

5.       M. Jindo, K. Nakamura, H. Okumura, K. Tsukiyama, and T. Kawasaki: “Application study of infrared free electron laser towards development of amyloidosis therapy: conformational analysis of β2-microglobulin peptide fibril by infrared microspectroscopy and molecular dynamics simulation”, J. Synchrotron Radiat. 29 (2022) 1133–1140.

6.       M. X. Mori, R. Okada, R. Sakaguchi, H. Hase, Y. Imai, O. K. Polat, S. G. Itoh, H. Okumura, Y. Mori, Y. Okamura, R. Inoue: “Critical role of pre-S1 shoulder and proximal TRP box for phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate regulation in the diacylglycerol-activated TRPC channels”, Sci. Rep. 12 (2022) 10766 (13 pages).

7.       H. Okumura, S. G. Itoh, K. Nakamura, and T. Kawasaki: “Role of water molecules in the laser-induced disruption of amyloid fibrils observed by nonequilibrium molecular dynamics simulations”, J. Phys. Chem. B 125 (2021) 4964–4976. 表紙に採択された(右図)

8.       S. Tanimoto, S. G. Itoh, and H. Okumura: ““Bucket brigade” using lysine residues in RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2”, Biophys. J. 120 (2021) 3615–3627.

9.       K. Miyazawa, S. G. Itoh, H. Watanabe, T. Uchihashi, S. Yanaka, M. Yagi-Utsumi, K. Kato, K. Arakawa, and H. Okumura: “Tardigrade secretory-abundant heat-soluble protein has a flexible β-barrel structure in solution and keeps this structure in dehydration”, J. Phys. Chem. B 125 (2021) 9145–9154.

10.    S. G. Itoh, S. Tanimoto, and H. Okumura: “Dynamic properties of SARS-CoV and SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerases studied by molecular dynamics simulations”, Chem. Phys. Lett. 778 (2021) 1388819 (8 pages).

11.    M. Yamauchi and H. Okumura: “Dimerization of α-synuclein fragments studied by isothermal-isobaric replica-permutation molecular dynamics simulation”, J. Chem. Inf. Model. 61 (2021) 13071321. 表紙に採択された(右図)

12.    T. H. D. Nguyen, S. G. Itoh, H. Okumura, M. Tominaga: “Structural basis for promiscuous action of monoterpenes on TRP channels”, Commun. Biol. 4 (2021) 293 (12 pages).

13.    J. Kammarabutr, P. Mahalapbutr, H. Okumura, P. Wolschann, and T. Rungrotmongkol: “Structural dynamics and susceptibility of anti-HIV drugs against HBV reverse transcriptase”, J. Biomol. Struct. Dyn. 39 (2021) 25022511.

14.    K. Uchida, T. Kita, M. Hatta, S. G. Itoh, H. Okumura, M. Tominaga, J. Yamazaki: “Involvement of pore helix in voltage-dependent inactivation of TRPM5 channel”, Heliyon 7 (2021) e06102 (10 pages).

15.    L. Le Nguyen Ngoc, S. G. Itoh, P. Sompornpisut, and H. Okumura: “Replica-permutation molecular dynamics simulations of an amyloid-β(16–22) peptide and polyphenols”, Chem. Phys. Lett. 758 (2020) 137913 (7 pages).

16.    T. Mizukami, S. Furuzawa, S. G. Itoh, S. Segawa, T. Ikura, K. Ihara, H. Okumura, H. Roder, and K. Maki: “Energetics and kinetics of substrate analog-coupled staphylococcal nuclease folding revealed by a statistical mechanical approach”, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 117 (2020) 1995319962.

17.    H. Okumura and S. G. Itoh: “Molecular dynamics simulations of amyloid-β(16-22) peptide aggregation at air-water interfaces”, J. Chem. Phys. 151 (2020) 095101 (12 pages).

18.    N. Muraki, K. Ishii, S. Uchiyama, S. G. Itoh, H. Okumura, S. Aono: “Structural characterization of HypX responsible for CO biosynthesis in the maturation of NiFe-hydrogenase”, Commun. Biol. 2 (2019) 385 (12 pages).

19.    M. Yamauchi and H. Okumura: “Replica sub-permutation method for molecular dynamics and Monte Carlo simulations”, J. Comput. Chem. 40 (2019) 2694–2711. 表紙に採択された(右図)

20.    S. Yanaka, R. Yogo, R. Inoue, M. Sugiyama, S. G. Itoh, H. Okumura, Y. Miyanoiri, H. Yagi, T. Satoh, T. Yamaguchi, and K. Kato: “Dynamic views of the Fc region of immunoglobulin G provided by experimental and computational observations”, Antibodies 8 (2019) 39 (13pages).

21.    Y. Tachi, Y. Okamoto, and H. Okumura: “Conformational change of amyloid-β 40 in associated with binding to GM1-glycan cluster”, Sci. Rep. 9 (2019) 6853 (11 pages).

22.    S. G. Itoh, M. Yagi-Utsumi, K. Kato, and H. Okumura: “Effects of a hydrophilic/hydrophobic interface on amyloid-β peptides studied by molecular dynamics simulations and NMR experiments”, J. Phys. Chem. B 123 (2019) 160–169.

23.    K. Kerdpol, J. Kicuntod, P. Wolschann, S. Mori, C. Rungnim, M. Kunaseth, H. Okumura, N. Kungwan, and T. Rungrotmongkol: “Cavity closure of 2-hydroxypropyl-β-cyclodextrin: Replica exchange molecular dynamics simulations”, Polymers 11 (2019) 145 (15 pages).

24.    Y. Tachi, Y. Okamoto, and H. Okumura: “Conformational properties of an artificial GM1 glycan cluster based on a metal-ligand complex”, J. Chem. Phys. 149 (2018) 135101 (8 pages).

25.    Y. Mori, H. Okumura, T. Watanabe, and T. Hohsaka: “Antigen-dependent fluorescence response of anti-c-Myc Quenchbody studied by molecular dynamics simulations”, Chem. Phys. Lett. 698 (2018) 223–226.

26.    H. Nishizawa and H. Okumura: “Classical molecular dynamics simulation to understand role of a zinc ion for aggregation of amyloid-β peptides”, J. Comput. Chem. Jpn. 17 (2018) 76–79.

27.    M. Yamauchi and H. Okumura: “Development of isothermal-isobaric replica-permutation method for molecular dynamics and Monte Carlo simulations and its application to reveal temperature and pressure dependence of folded, misfolded, and unfolded states of chignolin”, J. Chem. Phys. 147 (2017) 184107 (15 pages).

28.    H. Okumura and S. G. Itoh: “Structural and fluctuational difference between two ends of Aβ amyloid fibril: MD simulations predict only one end has open conformations”, Sci. Rep. 6 (2016) 38422 (9 pages).

29.    R. Gupta, S. Saito, Y. Mori, S. G. Itoh, H. Okumura, and M. Tominaga: “Structural basis of TRPA1 inhibition by HC-030031 utilizing species-specific differences”, Sci. Rep. 6 (2016) 37460 (14 pages).

30.    H. Nishizawa and H. Okumura: “Rapid QM/MM approach for biomolecular systems under periodic boundary conditions: Combination of the density-functional tight-binding theory and particle mesh Ewald method”, J. Comput. Chem. 37 (2016) 2701–2711. 表紙に採択された(右図)

31.    S. G. Itoh and H. Okumura: “Oligomer formation of amyloid-β(29-42) from its monomers using the Hamiltonian replica-permutation molecular dynamics simulation”, J. Phys. Chem. B 120 (2016) 6555–6561.

32.    W. Khuntawee, T. Rungrotmongkol, P. Wolschann, P Pongsawasdi, N. Kungwan, H. Okumura, and S. Hannongbua: “Conformation study of ε-cyclodextrin: replica-exchange molecular dynamics simulations”, Carbohydr. Polym. 141 (2016) 99–105.

33.    Y. Mori and H. Okumura: “Simulated tempering based on global balance or detailed balance conditions: Suwa-Todo, heat bath, and Metropolis algorithms”, J. Comput. Chem. 36 (2015) 2344–2349.

34.    H. Nishizawa and H. Okumura: “Comparison of replica-permutation molecular dynamics simulations with and without detailed balance condition”, J. Phys. Soc. Jpn. 84 (2015) 074801 (6 pages).

35.    K. Inagaki, T. Satoh, S. G. Itoh, H. Okumura, and K. Kato: “Redox-dependent conformational transition of catalytic domain of protein disulfide isomerase indicated by crystal structure-based molecular dynamics simulation”, Chem. Phys. Lett. 618 (2015) 203–207.

36.    H. Okumura and S. G. Itoh: “Amyloid fibril disruption by ultrasonic cavitation: Nonequilibrium molecular dynamics simulations”, J. Am. Chem. Soc. 136 (2014) 10549–10552.

37.    S. G. Itoh and H. Okumura: “Dimerization process of amyloid-β(29-42) studied by the Hamiltonian replica-permutation molecular dynamics simulations”, J. Phys. Chem. B 118 (2014) 11428–11436.

38.    Y. Mori and H. Okumura: “Molecular dynamics study on the structural changes of helical peptides induced by pressure”, Proteins 82 (2014) 2970–2981.

39.    H.-L. Chiang, C.-J. Chen, H. Okumura, and C.-K. Hu: “Transformation between α-helix and β-sheet structures of one and two polyglutamine peptides in explicit water molecules by replica-exchange molecular dynamics simulations”, J. Comput. Chem. 35 (2014) 1430–1437.

40.    H. Okumura, S. G. Itoh, A. M. Ito, H. Nakamura, and T. Fukushima: “Manifold correction method for the Nosé-Hoover and Nosé-Poincaré molecular dynamics simulations”, J. Phys. Soc. Jpn. 83 (2014) 024003 (5 pages).

41.    S. G. Itoh and H. Okumura: “Hamiltonian replica-permutation method and its applications to an alanine dipeptide and amyloid-β(29-42) peptides”, J. Comput. Chem. 34 (2013) 2493–2497.

42.    S. G. Itoh, T. Morishita, and H. Okumura: “Decomposition-order effects of time-integrator on ensemble averages for the Nosé-Hoover thermostat”, J. Chem. Phys. 139 (2013) 064103 (10 pages).

43.    Y. Mori and H. Okumura: “Pressure-induced helical structure of a peptide studied by simulated tempering molecular dynamics simulations”, J. Phys. Chem. Lett. 4 (2013) 2079–2083.

44.    H. Okumura and S. G. Itoh: “Transformation of a design peptide between the α-helix and β-hairpin structures by a helix-strand replica-exchange molecular dynamics simulation”, Phys. Chem. Chem. Phys. 15 (2013) 13852–13861.

45.    S. G. Itoh and H. Okumura: “Replica-permutation method with the Suwa-Todo algorithm beyond the replica-exchange method”, J. Chem. Theory Comput. 9 (2013) 570–581.

46.    T. Morishita, S. G. Itoh, H. Okumura, and M. Mikami: “On-the-fly reconstruction of free-energy profiles using logarithmic mean-force dynamics”, J. Comput. Chem. 34 (2013) 1375–1384.

47.    S. G. Itoh and H. Okumura: “Coulomb replica-exchange method: Handling electrostatic attractive and repulsive forces for biomolecules”, J. Comput. Chem. 34 (2013) 622–639.

48.    T. Sakaguchi and H. Okumura: “Cutoff effect in the Nosé-Poincaré and Nosé-Hoover thermostats”, J. Phys. Soc. Jpn. 82 (2013) 034001 (7 pages).

49.    C. Rungnim, T. Rungrotmongkol, S. Hannongbua, and H. Okumura: “Replica exchange molecular dynamics simulation of chitosan for drug delivery system based on carbon nanotube”, J. Mol. Graphics Modell. 39 (2013) 183–192.

50.    H. Okumura: “Temperature and pressure denaturation of chignolin: Folding and unfolding simulation by multibaric-multithermal molecular dynamics method”, Proteins 80 (2012) 2397–2416.

51.    H. Nomura, T. Koda, and H. Okumura: “Probing a non-biaxial behavior of infinitely thin hard platelets”, J. Phys. Soc. Jpn. 81 (2012) 114003 (6 pages).

52.    T. Morishita, S. G. Itoh, H. Okumura, and M. Mikami: “Free-energy calculation via mean-force dynamics using a logarithmic energy landscape”, Phys. Rev. E 85 (2012) 066702 (5 pages).

53.    S. G. Itoh and H. Okumura: “Length dependence of polyglycine conformations in vacuum”, J. Phys. Soc. Jpn. 80 (2011) 094801 (8 pages).

54.    H. Okumura: “Optimization of partial multicanonical molecular dynamics simulations applied to an alanine dipeptide in explicit water”, Phys. Chem. Chem. Phys. 13 (2011) 114–126.

55.    S. G. Itoh, H. Okumura, and Y. Okamoto: “Replica-exchange method in parameter space: overcoming steric restrictions for biomolecules”, J. Chem. Phys. 132 (2010) 134105 (8 pages).

56.    H. Okumura, E. Gallicchio, and R. M. Levy: “Conformational populations of ligand-sized molecules by replica exchange molecular dynamics and temperature reweighting”, J. Comput. Chem. 31 (2010) 1357–1367.

57.    H. Okumura: “Partial multicanonical algorithm for molecular dynamics and Monte Carlo simulations”, J. Chem. Phys. 129 (2008) 124116 (9 pages).

58.    H. Okumura and Y. Okamoto: “Temperature and pressure dependence of alanine dipeptide studied by multibaric-multithermal molecular dynamics simulations”, J. Phys. Chem. B 112 (2008) 12038–12049.

59.    H. Okumura and Y. Okamoto: “Multibaric-multithermal molecular dynamics simulation of alanine dipeptide in explicit water”, Bull. Chem. Soc. Jpn. 80 (2007) 1114–1123.

60.    H. Okumura, S. G. Itoh, and Y. Okamoto: “Explicit symplectic integrators of molecular dynamics algorithms for rigid-body molecules in the canonical, isobaric-isothermal, and related ensembles”, J. Chem. Phys. 126 (2007) 084103 (17 pages).

61.    H. Okumura and D. M. Heyes: “Stationary temperature profiles in a liquid nano-channel: comparisons between molecular dynamics simulation and classical hydrostatics”, Phys. Rev. E 74 (2006) 061201 (10 pages).

62.    D. M. Heyes, M. Cass, A. C. Brańka, and H. Okumura: “First derivative of the hard-sphere radial distribution function at contact”, J. Phys.: Condens. Matter 18 (2006) 7553–7558.

63.    D. M. Heyes and H. Okumura: “Equation of state and structural properties of the Weeks-Chandler-Andersen fluid”, J. Chem. Phys. 124 (2006) 164507 (8 pages).

64.    D. M. Heyes and H. Okumura: “Some physical properties of the Weeks-Chandler-Andersen fluid”, Mol. Sim. 32 (2006) 4550.

65.    H. Okumura and Y. Okamoto: “Multibaric-multithermal ensemble molecular dynamics simulations”, J. Comput. Chem. 27 (2006) 379–395.

66.    H. Okumura and Y. Okamoto: “Liquid-gas phase transitions studied by multibaric-multithermal Monte Carlo simulations”, J. Phys. Soc. Jpn. 73 (2004) 3304–3311.

67.    H. Okumura and D. M. Heyes: “Comparisons between molecular dynamics and hydrodynamics treatment of nonstationary thermal processes in a liquid”, Phys. Rev. E 70 (2004) 061206 (11 pages).

68.    H. Okumura and Y. Okamoto: “Monte Carlo simulations in generalized isobaric-isothermal ensembles”, Phys. Rev. E 70 (2004) 026702 (14 pages).

69.    H. Okumura and Y. Okamoto: “Molecular dynamics simulations in the multibaric-multithermal ensemble”, Chem. Phys. Lett. 391 (2004) 248–253.

70.    H. Okumura and Y. Okamoto: “Monte Carlo simulations in multibaric-multithermal ensemble”, Chem. Phys. Lett. 383 (2004) 391–396.

71.    H. Okumura and N. Ito: “Nonequilibrium molecular dynamics simulations of a bubble”, Phys. Rev. E 67, (2003) 045301(R) (4 pages).

72.    H. Okumura and F. Yonezawa: “Bulk viscosity in the case of the interatomic potential depending on density”, Phys. Rev. E 67 (2003) 021205 (7 pages).

73.    H. Okumura and F. Yonezawa: “New formula for the bulk viscosity constructed from the interatomic potential and the pair distribution function”, J. Chem. Phys. 116 (2002) 7400–7410.

74.    H. Okumura and F. Yonezawa: “Approximate formula for bulk viscosity”, J. Phys. Soc. Jpn. 71 (2002) 685–688.

75.    J. Koga, H. Okumura, K. Nishio, T. Yamaguchi, and F. Yonezawa: “Simulational analysis of the local structure in liquid germanium under pressure”, Phys. Rev. B 66 (2002) 064211 (10 pages).

76.    H. Okumura and F. Yonezawa: “Reliable determination of the liquid-vapor critical point by the NVT plus test particle method”, J. Phys. Soc. Jpn. 70 (2001) 1990–1994.

77.    H. Okumura and F. Yonezawa: “Expansion type of model fluids”, J. Phys. Soc. Jpn. 70 (2001) 1006–1009.

78.    H. Okumura and F. Yonezawa: “Liquid-vapor coexistence curves of several interatomic model potentials”, J. Chem. Phys. 113 (2000) 9162–9168.

 

総説(査読有り)

1.       H. Okumura, and, S. G. Itoh: “Molecular dynamics simulation studies on the aggregation of amyloid-β peptides and their disaggregation by ultrasonic wave and infrared laser irradiation”, Molecules 27 (2022) 2483 (29 pages).

2.       S. Tanimoto, S. G. Itoh, and H. Okumura: “State of the art molecular dynamics simulation studies of RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2”, Int. J. Mol. Sci. 23 (2022) 10358 (19 pages).

3.       Y. Tachi, S. G. Itoh, and H. Okumura: “Molecular dynamics simulations of amyloid-β peptides in heterogeneous environments”, Biophys. Physicobiol. 19 (2022) e190010 (18 pages).

4.       S. G. Itoh and H. Okumura: “Promotion and inhibition of amyloid-β peptide aggregation: molecular dynamics studies”, Int. J. Mol. Sci. 22 (2021) 1859 (14 pages).

5.       M. Yamauchi, Y. Mori, and H. Okumura: “Molecular simulations by generalized-ensemble algorithms in isothermal-isobaric ensemble”, Biophysical Reviews 11 (2019) 457469.

6.       H. Okumura, M. Higashi, Y. Yoshida, H. Sato, and R. Akiyama: “Theoretical approaches for dynamical ordering of biomolecular systems”, BBA - General Subjects 1862 (2018) 212228.

7.       H. Okumura: “Generalized-ensemble molecular dynamics and Monte Carlo algorithms beyond the limit of the multicanonical algorithm, Adv. Nat. Sci.: Nanosci. Nanotechnol. 1 (2010) 033002 (8 pages).

8.       S. G. Itoh, H. Okumura, and Y. Okamoto: “Generalized-ensemble algorithms for molecular dynamics simulations, Mol. Sim. 33 (2007) 47–56.

9.       奥村久士:「赤外自由電子レーザによるアミロイド線維破壊の分子動力学シミュレーション」レーザ加工学会誌 29 (2022) 160165.

10.    谷本勝一,伊藤暁,奥村久士:「新型コロナウイルスのRNA依存性RNAポリメラーゼによるリガンド認識の分子動力学シミュレーション」シミュレーション 41 (2022) 8394.

11.    奥村久士:「アミロイドβ(16–22)ペプチドの凝集と凝集阻害剤の分子動力学シミュレーション」シミュレーション 40 (2021) 16–21.

12.    多知裕平,奥村久士:「糖鎖クラスターとの結合によるアミロイドβの構造変化」生物物理 61 (2021) 186–188.

13.    森義治,奥村久士:「分子動力学シミュレーションで探るタンパク質・ペプチドの圧力変性」生物物理 56 (2016) 212–216.

14.    伊藤暁,奥村久士:「レア・イベントを捕えるための新たな分子シミュレーション手法アミロイド線維形成の理解に向けた取り組み」日本物理学会誌 71 (2016) 463–468.

15.    奥村久士:「分子動力学シミュレーションにおける新しい拡張アンサンブル法:マルチバーリック・マルチサーマル法」日本物理学会誌 63 (2008) 291–295.

16.    奥村久士, 米沢富美子:「液体水銀の金属-非金属転移領域における体積粘性率異常の理論」固体物理 38 (2003) 5764.

17.    奥村久士, 米沢富美子:「臨界点近傍の気液共存線の理論的決定-従来の方法の限界を凌駕する新しい方法の提案-」固体物理 36 (2001) 19.

 

総説査読無し

1.       奥村久士:「タンパク質の折りたたみ、変性、凝集、アミロイド線維:生体分子動力学シミュレーションの最前線」分子研レターズ 70 (2014) 4–7.

2.       奥村久士:「マルチバーリック・マルチサーマル法と部分的マルチカノニカル法」分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 12 No.2(通巻50号) (2010) 23–27.

3.       奥村久士:「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第6回:マルチカノニカル法とマルチバーリック・マルチサーマル法」(連載解説)分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 12 No.1(通巻49号) (2010) 64–69.

4.       奥村久士:「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第5回:パリネロ・ラーマンの方法,圧力一定のガウス束縛法,圧力一定のベレンゼンの方法」(連載解説)分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 11 No.4(通巻48号) (2009) 26–30.

5.       奥村久士:「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第4回:アンダーセンの方法と能勢・アンダーセンの方法」(連載解説)分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 11 No.3(通巻47号) (2009) 22–26.

6.       奥村久士:「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第3回:速度スケーリング法,ガウス束縛法,ベレンゼン熱浴」(連載解説)分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 11 No.2(通巻46号) (2009) 43–46.

7.       奥村久士:「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第2回:シンプレクティック解法と能勢・ポアンカレ熱浴」(連載解説)分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 11 No.1(通巻45号) (2009) 35–40.

8.       奥村久士:「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第1回:能勢の熱浴と能勢・フーバー熱浴」(連載解説)分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 10 No.4(通巻44号) (2008) 29–33.

9.       奥村久士, 岡本祐幸:「マルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルにおけるレナード・ジョーンズ流体のシミュレーション」物性研究 85 (2005) 341346.

10.    奥村久士:「液体の熱力学的性質の理論的研究-気液相転移と体積粘性率-」分子シミュレーション研究会ニュースレター アンサンブル 4 No.3(通巻19号) (2002) 8–9.

 

国際会議プロシーディング(査読有り)

1.       Y. Mori and H. Okumura: “Molecular dynamics simulation study on the high-pressure behaviour of an AK16 peptide”, Mol. Sim. 41 (2015) 1035–1040, The 3rd International Conference on Molecular Simulation, Kobe, Japan, 2013.

2.       S. G. Itoh and H. Okumura: “Replica-permutation method to enhance sampling efficiency”, Mol. Sim. 41 (2015) 1021–1026, The 3rd International Conference on Molecular Simulation, Kobe, Japan, 2013.

3.       H. Okumura: “Free-energy calculation of a protein as a function of temperature and pressure: multibaric-multithermal molecular dynamics simulations”, Proceedings of the 12th Joint European Thermodynamics Conference, JETC 2013, 494–498, Brescia, Italy, 2013.

4.       H. Okumura and S. G. Itoh: “Non-equilibrium Molecular Dynamics Simulation of Amyloid Destruction by Cavitation”, Proceedings of the 4th Asian Symposium on Computational Heat Transfer and Fluid Flow, ASCHT0199-T05-1-P (8 pages), Hong Kong, China, 2013.

5.       A. M. Ito, H. Okumura, S. Saito, and H. Nakamura: “Examination of temperature dependence of chemical sputtering on graphite by comparing the Langevin and Berendsen thermostats”, Plasma and Fusion Research 5 (2010) S2020 (4 pages), The 19th International Toki Conference on Advanced Physics in Plasma and Fusion Research, Toki, Japan, 2009.

6.       H. Okumura: “Hydrodynamics in a nanoscale liquid: comparisons with molecular dynamics in non-stationary processes”, Mol. Phys. 104 (2007) 3751–3756, 7th Liblice Conference on the Statistical Mechanics of Liquids, Lednice, Czech Republic, 2006.

7.       H. Okumura and Y. Okamoto: “Multibaric-multithermal molecular dynamics simulation: Generalized Nosé-Poincaré-Andersen method”, Mol. Sim. 33 (2007) 91–96, International Symposium on Progress and Future Prospects in Molecular Dynamics Simulation - In Memory of Professor Shuichi Nosé -, Yokohama, Japan, 2006.

8.       H. Okumura and Y. Okamoto: “Molecular simulations in the multibaric-multithermal ensembles”, Comput. Phys. Commun. 169 (2005) 317–321, Conference on Computational Physics 2004, Genoa, Italy, 2004.

9.       H. Okumura and Y. Okamoto: “Multibaric-multithermal ensemble simulations for fluid systems”, Physica A 350 (2005) 150–158, The 7th Taiwan International Symposium on Statistical Physics, Taipei, Taiwan, 2004.

10.    H. Okumura and Y. Okamoto: “Multibaric-multithermal ensemble simulation for simple liquids”, Mol. Sim. 30 (2004) 847–852, Joint Meeting: International Conference on Molecular Simulation and Computational Science Workshop 2004, Tsukuba, Japan, 2004.

11.    H. Okumura and F. Yonezawa: “New expression of the bulk viscosity”, Physica A 321 (2003) 207–219, The 6th Taiwan International Symposium on Statistical Physics, Taipei, Taiwan, 2002.

12.    H. Okumura and F. Yonezawa: “Precise determination of the liquid-vapor critical point by the NVT plus test particle method”, J. Non-cryst. Solids 312314 (2002) 256–259, The 11th International Conference on Liquid and Amorphous Metals, Yokohama, Japan, 2001.

13.    H. Okumura and F. Yonezawa: “Bulk viscosity in a density-dependent-potential system”, J. Non-cryst. Solids 312-314 (2002) 260-264, The 11th International Conference on Liquid and Amorphous Metals, Yokohama, Japan, 2001.

14.    J. Koga, H. Okumura, K. Nishio, T. Yamaguchi, and F. Yonezawa: “Simulational study of liquid germanium under pressure”, J. Non-cryst. Solids 312314 (2002) 95–98, The 11th International Conference on Liquid and Amorphous Metals, Yokohama, Japan, 2001.

15.    H. Okumura and F. Yonezawa: “Method for liquid-vapor coexistence curves by test particle insertions in the canonical ensemble”, J. Non-cryst. Solids 293295 (2001) 715–718, The 8th International Conference on the Structure of Non-Crystalline Materials, Aberystwyth, U.K., 2000.

16.    H. Okumura and F. Yonezawa: “Molecular dynamics study of liquid-vapor coexistence curves and supercritical fluids” Physica B 296 (2001) 180–183, Symposium on Wave Propagation and Electronic Structure in Disordered Systems, Heraklion, Greece, 2000.

17.    H. Okumura, H. Sueyoshi, and F. Yonezawa: “Liquid-vapor coexistence curve and fluid structure”, Prog. Theor. Phys. Suppl. 138 (2000) 253–254, The 5th International Conference on Computational Physics, Kanazawa, Japan, 1999.

18.    H. Sueyoshi, H. Okumura, and F. Yonezawa: “The relationship between the metal-nonmetal transition and the coordination number in divalent systems”, Prog. Theor. Phys. Suppl. 138 (2000) 255–256, The 5th International Conference on Computational Physics, Kanazawa, Japan, 1999.

 

国際会議プロシーディング(査読無し)

1.       H. Okumura and Y. Okamoto: “Multibaric-multithermal simulations for Lennard-Jones fluids”, in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics XVII, Eds. D. P. Landau, S. P. Lewis, and H.-B. Schuettler (Springer Verlag, Berlin, Germany, 2005) 146150, 17th Annual Workshop: Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics, Georgia, U.S.A., 2004.

2.       H. Okumura and Y. Okamoto: “Monte Carlo simulations in new generalized isobaric-isothermal ensemble”, Trans. MRS-J. 29 (2004) 3783–3786, The 8th IUMRS International Conference on Advanced Materials, Yokohama, Japan, 2003.

 

著書

1.       H. Okumura, T. Kawasaki, and K. Nakamura: “Probing protein misfolding and dissociation with an infrared free-electron laser”, in Methods in Enzymology, Ed. Arun K. Shukla (Academic Press, Cambridge, U.S.A., 2022), Volume 678/679 “Integrated Methods in Protein Biochemistry: Part B/C”, Chap. 9, Pages XXX–XXX.

2.       S. G. Itoh and H. Okumura: “All-atom Molecular Dynamics Simulation Methods for Aggregation of Protein and Peptides: Replica-exchange/permutation and Nonequilibrium Simulations”, in Computer Simulations of Aggregation of Proteins and Peptides, Eds. M.S. Li, A. Kloczkowski, M. Cieplak, and M. Kouza (Humana Press, New York, U.S.A., 2022), Chap. 10, Pages 197–220.

3.       H. Okumura: “All-Atom Multibaric-Multithermal Molecular Dynamics Simulations of Proteins”, in Models in Bioscience and Materials Research: Molecular Dynamics and Related Techniques, Ed. K. Kholmurodov (Nova Science, New York, USA, 2012), Chap. 6, Pages 56–68.

4.       H. Okumura, S. G. Itoh, and Y. Okamoto: “Generalized-Ensemble Algorithms for Simulations of Complex Molecular Systems”, in Practical Aspects of Computational Chemistry II An Overview of the Last Two Decades and Current Trends, Eds. J. Leszczynski and M. K. Shukla (Springer, Dordrecht, Germany, 2012), Chap. 4, Pages 69–101.

5.       伊藤暁,奥村久士「マテリアルズ・インフォマティクスによる材料開発と活用集」第10章第3節「分子動力学シミュレーションによるアミロイド線維の形成と破壊」技術情報協会 (2019) 431438.

6.       奥村久士In Silico 創薬」第4章第1節「高速計算プログラムGEMBによる分子動力学シミュレーションの実際」技術情報協会 (2018) 317327.

 

訳書

1.       P. R. Bergethon , 谷村吉隆, 佐藤啓文, 依田隆夫, 秋山良, 藤原進, 奥村久士 訳:「ベルゲソン 生化学の物理的基礎」(原題 The Physical Basis of Biochemistry: The Foundations of Molecular Biophysics)シュプリンガー・フェアラーク東京 (2004).

 

国際会議招待講演

1.       H. Okumura: 19–23 February 2023, Asia and Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry (APATCC-10), International Centre for Interdisciplinary Science and Education, Quy Nhon, Vietnam “Generalized-ensemble and nonequilibrium molecular dynamics simulations of protein aggregates”

2.       H. Okumura: 15–16 December 2022, 4th International Conference on Materials Research and Innovation, The Emerald Hotel, Bangkok, Thailand “Protein aggregation and disaggregation by generalized-ensemble and nonequilibrium molecular dynamics simulations”

3.       H. Okumura: 26–29 October 2022, 18th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering, Galaxy Hotel, Heraklion, Greece “Disaggregation of amyloid-β aggregates observed by nonequilibrium molecular dynamics simulations”

4.       H. Okumura: 15–17 December 2021, 3rd International Conference on Materials Research and Innovation, on line, “Molecular dynamics simulation of disease-related biomolecules”

5.       H. Okumura: 14 May 2021, Skype seminar, on line, “Role of water molecules and helix-structure stabilization in the laser-induced disruption of amyloid fibrils observed by nonequilibrium molecular dynamics simulations”

6.       H. Okumura: 26–27 October 2020, International Symposium “Frontier of structures and dynamics of water by advanced spectroscopic techniques”, The Annual meeting of the Spectroscopical Society of Japan, on line, “Role of water molecules in disruption of protein aggregates observed by non-equilibrium molecular dynamics simulations”

7.       H. Okumura: 22–24 December 2019, IMS-PCOSS Bilateral Symposium, Xiamen University, Xiamen, China “Molecular dynamics simulations for aggregation of amyloid-β peptides”

8.       H. Okumura: 17–18 December 2019, 2nd International Conference on Materials Research and Innovation, Kasetsart University, Bangkok, Thailand “Molecular insight into protein aggregation by computer simulation”

9.       H. Okumura: 27–29 June 2019, The 23rd International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE23), Chiang Mai University, Chiang Mai, Thailand “Molecular dynamics simulations of full-length amyloid-β peptides”

10.    H. Okumura: 21 June 2019, Taiwan IBC-ExCELLS MOU Workshop 2019, Institute of Biological Chemistry Seminar, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Molecular dynamics simulations of proteins”

11.    H. Okumura: 1–5 May 2019, 15th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering, Sheraton Hotel, Rhodes, Greece “All-atom molecular dynamics simulations of amyloid-β aggregates”

12.    H. Okumura: 20 November 2018, Institute of Biological Chemistry Seminar, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Molecular dynamics simulations of aggregates of amyloid-β peptides”

13.    H. Okumura: 19 November 2018, Seminar at Department of Chemistry, Tamkang University, New Taipei City, Taiwan “Molecular dynamics study of amyloid-β aggregates”

14.    H. Okumura: 27–31 October 2018, 14th Rencontres du Vietnam Computational Biophysics at the Molecular and Meso Scales, International Center for Interdisciplinary Science and Education, Quy Nhon, Vietnam “Molecular dynamics study of amyloid-β aggregates”

15.    H. Okumura: 2–3 August 2018, 22nd International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE22), Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand “Simulational studies of Aβ amyloid fibrils by molecular dynamics method”

16.    H. Okumura: 8–11 July 2018, Frontier Bioorganization Forum 2018, Exploratory Research Center on Life and Living Systems, National Institutes of Natural Sciences, Okazaki, Japan “Aggregation and disaggregation of amyloid-β peptides studied by molecular dynamics simulations”

17.    H. Okumura: 25 June 2018, Statphys-Taiwan-2018: Workshop on Developments in Statistical, Nonlinear, and Biological Physics, Institute of Physics, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Molecular dynamics simulations to study aggregated amyloid β peptides”

18.    H. Okumura: 21–24 May 2018, 7th Japan-Czech-Slovakia Symposium on Theoretical Chemistry, Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, Prague, Czech “Molecular dynamics simulations of Aβ amyloid fibrils”

19.    H. Okumura: 28 December 2017, 2017 NCTS December Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, National Tsing Hua University, Hsinchu, Taiwan “Amyloid fibril formation by molecular dynamics simulations”

20.    H. Okumura: 6–10 November 2017, EMN Meeting on Computation and Theory 2017, Trade Centre District, Dubai, United Arab Emirates “Molecular dynamics simulations for aggregation and disaggregation of amyloid-β peptides”

21.    H. Okumura: 3–4 August 2017, 21st International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE21), Thailand Science Park, Pathum Thani, Thailand “Simulational studies of Aβ amyloid fibrils by equilibrium and nonequilibrium molecular dynamics method”

22.    H. Okumura: 2 August 2017, Seminar in Bioinformatics Program and Biochemistry Department, Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand “Replica-permutation simulation of biomolecules: Application of the Suwa-Todo Monte Carlo algorithm”

23.    H. Okumura: 14–15 July 2017, 3rd Japan-Thai workshop on Theoretical and Computational Chemistry 2017, Yokohama City University, Yokohama, Japan “Molecular dynamics simulations of Aβ amyloid fibrils in equilibrium and nonequilibrium systems”

24.    H. Okumura: 22 June 2017, 2017 NCTS Seminars on Critical Phenomena and Complex Systems, National Tsing Hua University, Hsinchu, Taiwan “All-atom molecular dynamics simulations of Aβ amyloid fibrils”

25.    H. Okumura: 21–25 April 2017, 13th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering, The MET Hotel, Thessaloniki, Greece “All-atom molecular dynamics simulations to reveal dynamical ordering of amyloid fibril”

26.    H. Okumura: 30–31 March 2017, 2017 NCTS March Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, National Tsing Hua University, Hsinchu, Taiwan “Molecular dynamics simulations for fluctuation and disruption of amyloid fibril”

27.    H. Okumura: 16–19 March 2017, International Symposium on Molecular Science - Physical Chemistry/Theoretical Chemistry, Chemoinformatics, Computational Chemistry, Keio University, Yokohama, Kanagawa, Japan “Molecular dynamics simulations for creation and disruption of amyloid fibrils”

28.    H. Okumura: 26–27 January 2017, Institute for Protein Research (IPR) Seminar, Osaka University, Suita, Osaka, Japan “All-atom molecular dynamics simulations of Aβ amyloid fibrils”

29.    H. Okumura: 16–20 January 2017, 10th International Conference on Computational Physics, Holiday Inn, Sands Cotai Central, Macau, China “Equilibrium and nonequilibrium molecular dynamics simulations of Aβ amyloid fibrils”

30.    H. Okumura: 21–22 November 2016, Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat, Mikawawan Resort Linx, Nishio, Aichi, Japan “Computational molecular science to reveal dynamical ordering of amyloid fibril”

31.    H. Okumura: 14–16 November 2016, Thai-Japan Symposium in Chemistry, Chiang Mai University, Chiang Mai, Thailand “Dynamical ordering of amyloid fibril studied by molecular dynamics simulations”

32.    H. Okumura: 5 October 2016, 2016 NCTS October Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, National Tsing Hua University, Hsinchu, Taiwan “Molecular dynamics simulations to study dynamical ordering of amyloid fibril”

33.    H. Okumura: 6 July 2016, Free Energy Landscape of Protein Folding and Dynamics by Simulations based on Enhanced Conformational Sampling Algorithms, Nagoya University, Nagoya, Japan “Suwa-Todo algorithm in generalized-ensemble algorithms: Replica-permutation and simulated tempering methods”

34.    H. Okumura: 2–3 June 2016, 8th IKUSTAR, Kasetsart University, Bangkok, Thailand “Molecular dynamics simulations for assembly and disassembly of Aβ amyloid fibrils”

35.    H. Okumura: 28–29 March 2016, 2016 NCTS March Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, National Tsing Hua University, Hsinchu, Taiwan “Molecular dynamics simulations of amyloid fibrils”

36.    H. Okumura: 15–17 February 2016, Eighth Japan-Korea Seminars on Biomolecular Sciences, Institute for Molecular Science, Okazaki, Japan “Pressure induced structural change of proteins by molecular dynamics simulations”

37.    H. Okumura: 9–11 January 2016, Pure and Applied Chemistry International Conference 2016, Bangkok International Trade & Exhibition Centre, Bangkok, Thailand “Molecular dynamics simulations of proteins under high pressure”

38.    H. Okumura: 15–20 December 2015, The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2015 (Pacifichem 2015), Hawaii Convention Center, Honolulu, Hawaii, USA “Molecular dynamics simulations for oligomerization and disruption of amyloid-β fibril”

39.    H. Okumura: 8–9 December 2015, Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat, Okazaki Institute for Integrative Bioscience, Okazaki, Japan “Assembly and disassembly of Aβ amyloid fibrils by molecular dynamics simulations”

40.    H. Okumura: 24–25 November 2015, International workshop on complex phenomena from molecule to society, University of Tokyo, Tokyo, Japan “Nonequilibrium molecular dynamics simulation of amyloid-fibril disassembly by supersonic cavitation”

41.    H. Okumura: 24–26 June 2015, 2015 Taiwan International Workshop on Biological Physics and Complex Systems, National Taiwan University, Taipei, Taiwan “Molecular dynamics simulations for aggregation and disaggregation of amyloid-β peptides”

42.    H. Okumura: 20–23 March 2015, 11th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering, Metropolitan Hotel, Athens, Greece “Nonequilibrium and generalized-ensemble molecular dynamics simulations for amyloid fibril”

43.    H. Okumura: 10–11 January 2015, The 3rd International Symposium “Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions”, Nemunosato, Shima, Mie, Japan “All-atom molecular dynamics simulations for amyloid fibril assembly and disassembly”

44.    H. Okumura: 5–7 January 2015, 11th Thai Summer School of Computational Chemistry “Replica exchange molecular dynamics simulation”, Rajamangala University of Technology, Nan, Thailand “Thermodynamics and free energy calculation”

45.    H. Okumura: 5–7 January 2015, 11th Thai Summer School of Computational Chemistry “Replica exchange molecular dynamics simulation”, Rajamangala University of Technology, Nan, Thailand “Molecular dynamics simulation and temperature replica-exchange method”

46.    H. Okumura: 17 December 2014, Mini Symposium, Institute for Molecular Science, Okazaki, Japan “All-atom molecular dynamics simulations of amyloid-fibril disruption and peptide oligomerization”

47.    H. Okumura: 5–6 November 2014, Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat, Okazaki Institute for Integrative Bioscience, Okazaki, Japan “Molecular dynamics simulations of Aβ amyloid fibrils”

48.    H. Okumura: 21–23 August 2014, 2nd International Conference on Computational Science and Engineering, REX Hotel, Ho Chi Minh City, Vietnam “Molecular dynamics simulations for amyloid fibril disruption and dimerization of amyloid-β peptides”

49.    H. Okumura: 29 July – 1 August 2014, 2014 UST-Sokendai Joint Seminar on Computational Sciences, The University of Science and Technology, Daejeon, Korea “Generalized-ensemble molecular dynamics simulations”

50.    H. Okumura: 4–7 April 2014, 10th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering, Metropolitan Hotel, Athens, Greece “Generalized-ensemble algorithms to determine free-energy landscape of proteins”

51.    H. Okumura: 8–10 January 2014, Pure and Applied Chemistry International Conference 2014, Centara Hotel and Convention Centre, Khon Kaen, Thailand “Replica-permutation molecular dynamics simulation of biomolecules”

52.    H. Okumura: 6–7 January 2014, Joint IMS-KU workshop on molecular sciences towards green sustainability, Kasetsart University, Bangkok, Thailand “Replica-permutation method for protein simulation and amyloid disruption by cavitation in non-equilibrium molecular dynamics simulation”

53.    H. Okumura: 10–13 December 2013, Sokendai Asian Winter School, National Institute for Fusion Science, Toki, Japan “Introduction to molecular dynamics simulation and its application”

54.    H. Okumura: 2–6 December 2013, 5th Japan-Czech-Slovakia International Symposium on Theoretical Chemistry, Cultural Center of Todaiji-Temple, Nara, Japan “Protein simulations by generalized-ensemble molecular dynamics method” (poster)

55.    H. Okumura: 25–27 November 2013, Sixth Japan-Korea Seminars on Biomolecular Sciences, Institute for Molecular Science, Okazaki, Japan “Replica-permutation method for protein simulations and pressure-induced denaturation”

56.    H. Okumura: 11 November 2013, 2013 NCTS November Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Molecular dynamics simulations for amyloid disruption by supersonic wave”

57.    H. Okumura: 25 March 2013, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Manifold correction algorithm in molecular dynamics simulation”

58.    H. Okumura: 19–21 February 2013, 2nd International Symposium on Hierarchy and Holism, National Center of Sciences, Tokyo, Japan “Manifold correction and generalized-ensemble algorithms in molecular dynamics simulations”

59.    H. Okumura: 20–21 November 2012, Indo-Japan Workshop on Recent Advances in Spectroscopy and Microscopy: Fundamentals and Applications to Materials and Biology, Hyderabad University, Hyderabad, India “Generalized-ensemble Molecular Dynamics Simulations for Temperature and Pressure Denaturation of a Protein”

60.    H. Okumura: 16 November 2012, 2012 NCTS November Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Helix-strand replica-exchange molecular dynamics method and its application”

61.    H. Okumura: 9–12 September 2012, 5th Japan-Russia International Workshop “Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences” 2012, Joint Institute for Nuclear Research, Moscow, Russia “All-Atom Generalized-Ensemble Molecular Dynamics Simulations of Proteins”

62.    H. Okumura: 23–25 May 2012, The 17th Biophysics Conference of Biophysical Society of Republic of China, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Multibaric-multithermal molecular dynamics simulations for temperature and pressure denaturation of a protein”

63.    H. Okumura: 13–16 April 2012, 2012 NCTS Spring Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “New Type of the Hamiltonian Replica-Exchange Molecular Dynamics Method”

64.    H. Okumura: 10 April 2012, Seminar at National Dong-Hwa University, Physics Department, National Dong-Hwa University, Hualien, Taiwan “Multibaric-multithermal molecular dynamics simulations for temperature and pressure denaturation of an alanine dipeptide and chignolin”

65.    H. Okumura: 21–24 February 2012, Winter School of Asian Core Program, Beijing, Institute of Chemistry, Chinese Academy of Sciences, China “Molecular dynamics simulations with generalized-ensemble algorithms”

66.    H. Okumura: 20 January 2012, Seminar at Chulalongkorn University, Department of Chemistry, Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand “Temperature and pressure denaturation of a protein by all-atom generalized-ensemble molecular dynamics simulations”

67.    H. Okumura: 9-11 January 2012, Forth Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations, Cultural Center of Todaiji-Temple, Nara, Japan “Temperature and pressure denaturation of a protein and peptide by multibaric-multithermal molecular dynamics simulations

68.    H. Okumura: 2126 July 2011, 2011 Taiwan International Workshop on Biological Physics and Complex Systems, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Temperature and pressure denaturation of a protein by all-atom generalized-ensemble molecular dynamics simulations”

69.    H. Okumura: 2526 June 2011, The 5th Mini-Symposium on Liquids, Okayama University, Okayama, Japan “Protein simulations by new generalized-ensemble molecular dynamics algorithms”

70.    H. Okumura: 911 June 2011, 2011 NCTS June Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Academia Sinica, Taipei, Taiwan Multibaric-multithermal molecular dynamics simulations of alanine dipeptide and chignolin

71.    H. Okumura: 78 March 2011, The ACP 20th workshop on Recent Development in Simulation Physics, University of Tokyo, Tokyo, Japan van der Waals and Coulomb replica-exchange molecular dynamics simulations

72.    H. Okumura: 27 February - 1 March 2011, Third Japan-Korea Seminars on Biomolecular Sciences, Lotte Hotel, Jeju, Korea Partial multicanonical and multibaric-multithermal molecular dynamics simulations of a peptide

73.    H. Okumura: 30 November 2010, Seminar at Institute of Physics, Academia Sinica, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Some molecular dynamics simulations of Lennard-Jones fluid

74.    H. Okumura: 2529 November 2010, 2010 NCTS November Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “New generalized-ensemble algorithms for alanine dipeptide and polyalanine simulations

75.    H. Okumura: 12 October 2010, The ACP 17th workshop on Recent Development in Computational Statistical Physics, University of Tokyo, Tokyo, Japan “Generalized-ensemble molecular dynamics simulations of alanine dipeptide and polyalanine

76.    H. Okumura: 2628 September 2010, Indo-Japan Joint Workshop on New Frontiers in Molecular Spectroscopy; from Gas Phase to Proteins, Hotel Kitano Plaza Rokkoso, Kobe, Japan “Generalized-ensemble molecular dynamics simulations of a peptide

77.    H. Okumura: 2731 July 2010, The 10th Taiwan International Symposium on Statistical Physics, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Generalized-ensemble molecular dynamics with limited degrees of freedom for biomolecules”

78.    H. Okumura: 15 February 2010, The First International Workshop on Computational Biophysics, Vietnam National University Ho Chi Minh City, Vietnam “Generalized-ensemble molecular dynamics simulations of alanine dipeptide”

79.    H. Okumura: 2223 December 2009, 2nd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences Experiments and Simulations, Nagoya University, Japan “Multibaric-multithermal and partial multicanonical molecular dynamics simulations of alanine dipeptide

80.    H. Okumura: 1316 December 2009, The 4th Winter School of JSPS Asian CORE Program for Frontiers of Materials, Photo-, and Theoretical Molecular Sciences, Seoul National University, Seoul, South Korea “Generalized-ensemble molecular dynamics simulations for biomolecules”

81.    H. Okumura: 1015 December 2009, International Workshop on Biophysics and Complex Systems 2009, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Recent progress in generalized-ensemble molecular dynamics simulations for biomolecules I”

82.    H. Okumura: 1015 December 2009, 2009 Taiwan International Workshop on Biophysics and Complex Systems 2009, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Recent progress in generalized-ensemble molecular dynamics simulations for biomolecules II”

83.    H. Okumura: 2 September 2009, Imperial College London, London, United Kingdom “Comparisons between molecular dynamics simulation and hydrodynamics calculation: nonequilibrium thermal processes and a bubble creation”

84.    H. Okumura: 1215 June 2009, 2009 NCTS June Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, National Taiwan University, Taipei, Taiwan “Generalized-ensemble molecular dynamics simulation of a peptide by GEMB program I”

85.    H. Okumura: 1215 June 2009, 2009 NCTS June Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, National Taiwan University, Taipei, Taiwan “Generalized-ensemble molecular dynamics simulation of a peptide by GEMB program II”

86.    H. Okumura: 812 July 2008, The 9th Taiwan International Symposium on Statistical Physics, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Generalized-ensemble molecular dynamics simulations for small biomolecules”

87.    H. Okumura: 611 August 2007, 2007 Taiwan International Workshop on Biological Physics and Complex Systems Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Multibaric-multithermal molecular dynamics simulations of alanine dipeptide”

88.    H. Okumura: 1821 May 2007, 2007 NCTS May Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Chinese Culture University and Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Temperature and pressure dependence of a peptide studied by multibaric-multithermal molecular dynamics simulations”

89.    H. Okumura: 1821 May 2007, 2007 NCTS May Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Chinese Culture University and Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Symplectic molecular dynamics integrator for rigid-body molecules in the canonical ensemble”

90.    H. Okumura: 1618 November 2006, The 3rd International Workshop Hangzhou 2006 on Simulational Physics, Zhejiang University, Hangzhou, China “Generalized isobaric-isothermal molecular dynamics simulations of alanine dipeptide”

91.    H. Okumura: 17 October 2005, CCP5 Workshop: Challenges in Mesoscale Models for Liquids: Simulation and Theory, University of Surrey, Guildford, United Kingdom “Hydrodynamics in a nanoscale liquid: comparisons of thermal relaxation processes with molecular dynamics”

92.    H. Okumura: 2226 June 2004, The 7th Taiwan International Symposium on Statistical Physics, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Multibaric-multithermal ensemble simulations for fluid systems”

 

国内会議招待講演

1.       奥村久士: 20221226 – 27日 静岡県立大学草薙キャンパス Biothermology Workshop 2022「生体機能に重要な分子の全原子分子動力学シミュレーション」

2.       奥村久士: 20221223日 山形大学理学部 離散数理セミナー「アミロイド線維の非平衡分子動力学シミュレーション」

3.       奥村久士: 20221213 – 15日 立命館いばらきフューチャープラザ 第63回高圧討論会 シンポジウム:高圧力および関連する極限環境下の化学・生物・生命科学「非平衡分子動力学シミュレーションで見る極限環境下におけるアミロイド線維破壊」

4.       奥村久士: 2022128 – 9日 三重大学 Mie Meeting of Quantum Science 「アミロイドβペプチド凝集体の非平衡分子動力学シミュレーション」

5.       奥村久士: 2022323日 オンライン開催 生理学研究所ネットワーク型研究加速事業報告会「病気に関係する生体分子の分子動力学シミュレーション」

6.       奥村久士: 2022111 – 12日 オンライン開催 スーパーコンピュータワークショップ2021「新型コロナウイルスの増殖とアルツハイマー病の発症に関するタンパク質の分子動力学シミュレーション」

7.       奥村久士: 202217 – 9日 オンライン開催 第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム 企画講演:赤外自由電子レーザーによる物質研究の現状と未来展望「分子動力学シミュレーションで見る赤外自由電子レーザーによるアミロイド線維の破壊」

8.       奥村久士: 20211125 – 27日 オンライン開催 第59回日本生物物理学会年会シンポジウム「Peptide-Membrane Biophysics: Current Biophysical Studies of Membrane-bound Antimicrobial Peptides and Amyloid Peptides ペプチド-物物理学 : 膜結合抗菌ペプチドおよびアミロイドペプチドの最新物物理研」「Molecular Dynamics Simulations for Aggregation and Disaggregation of Amyloid-β Peptides / アミロイドβペプチドの凝集と解離の分子動力学シミュレーション

9.       奥村久士: 2021831日 分子科学研究所(愛知) 平等グループセミナー「新型コロナウイルス感染症に対する治療薬および赤外自由電子レーザーによるアミロイド線維破壊の分子動力学シミュレーション」

10.    奥村久士: 20201217日 金沢大学大学院自然学研究科(石川) 数物科学専攻公開講演会 「アルツハイマー病原因物質の分子動力学シミュレーション」

11.    奥村久士: 202087日 オンライン開催 新型コロナウイルス感染症対応HPCI臨時研究課題記者勉強会「COVID-19ウイルスのRNAポリメラーゼと阻害薬候補の分子動力学シミュレーション」

12.    奥村久士: 20191121日 広島大学放射光科学研究センター(広島) HiSORセミナー「アルツハイマー病を引き起こすタンパク質凝集体の分子動力学シミュレーション」

13.    奥村久士: 20191120日 東京理科大学(東京) FEL-TUS医工融合シンポジウム「分子動力学シミュレーションで見る生体分子の構造変化:アミロイド線維の形成と赤外自由電子レーザーによる破壊」

14.    奥村久士: 20191118 – 19日 生命創成探究センター(愛知) 第2 ExCELLSシンポジウム「タンパク質凝集の分子動力学シミュレーション」

15.    奥村久士: 2019831 – 91 豊田工業高等専門学校(愛知) 第9回高分子物理学研究会「アミロイド線維の分子動力学シミュレーション」

16.    奥村久士: 2019717日 九州大学理学部化学教室(福岡) 公開講演会最新化学談話シリーズ令和元年度第1回談話会「分子動力学シミュレーションで見るアルツハイマー病原因物質」

17.    奥村久士: 2019521日 東京工業大学(東京) 第5回北尾研セミナー “Development of replica-permutation method and molecular dynamics simulations of amyloid-β aggregates”

18.    奥村久士: 201932日 近畿大学東大阪キャンパス・ブロッサムカフェ(大阪) 第4回DoIKシンポジウム「コンピューターシミュレーションで見るアルツハイマー病原因物質」

19.    奥村久士: 2019116 – 17日 分子科学研究所(愛知) スーパーコンピュータワークショップ2018「アミロイドβペプチドのオリゴマーとアミロイド線維の分子動力学シミュレーション」

20.    奥村久士: 20181225 – 26日 学習院大学計算機センター(東京) 学習院計算機センター特別研究プロジェクト「結晶成長の数理」第13回研究会 結晶成長とモンテカルロシミュレーション「レプリカ置換分子動力学法の開発とアミロイドβペプチドへの応用

21.    奥村久士: 20181015 – 16日 生命創成探究センター(愛知) 第1 ExCELLSシンポジウム「分子動力学シミュレーションで探るタンパク質凝集体の構造変化」

22.    奥村久士: 2018920日 福井大学工学部(福井) 化学研究会セミナー「アミロイド線維を形成するタンパク質の分子動力学シミュレーション」

23.    奥村久士: 201842 – 3日 東京大学物性研究所(千葉) 物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の今と未来」「アミロイドベータペプチドの凝集の分子動力学シミュレーション」

24.    奥村久士: 2018112日 アイビーホール(東京) 企業研究会第31CAMMフォーラム 本例会「アミロイド線維の生体分子動力学シミュレーション」

25.    奥村久士: 20171027日 大阪科学技術センター(大阪) 近畿化学協会コンピュータ化学部会例会「分子動力学シミュレーションによるアミロイド線維の形成過程と破壊過程」

26.    奥村久士: 2017614日 慶應義塾大学理工学部(神奈川) 物理学科談話会「アミロイド線維の分子動力学シミュレーション」

27.    奥村久士: 2017513日 キャンパスプラザ京都(京都) 第11回革新的量子化学シンポジウム~量子的自然の叡智と美~「アミロイド線維のシミュレーション‐構造サンプリングと非平衡分子動力学‐」

28.    奥村久士: 201733 – 4日 金沢工業大学(石川) 第2回計算分子科学の若手研究会「分子動力学シミュレーションで調べたアミロイド線維の揺らぎと破壊」

29.    奥村久士: 2017130日 慶應義塾大学理工学部(神奈川) 分子シミュレーションセミナー「pH一定の分子シミュレーション技術などの発展とその応用」「レプリカ置換法の開発とアミロイド線維への応用

30.    奥村久士: 20161220日 基礎生物学研究所(愛知) 平成28年度自然科学研究機構若手研究者による分野間連携研究プロジェクト「生物の形態形成の多様性の細胞レベルでの共通原理の解明とそのための統計数理学的方法の開発」に関するミーティング「アミロイド線維の分子動力学シミュレーション」

31.    奥村久士: 20161011 – 13日 加賀観光ホテル(石川) 第3回新学術領域研究「動的秩序と機能」若手研究会「分子動力学シミュレーションの基礎と生体分子の動的秩序形成研究への応用」

32.    奥村久士: 2016616日 三重大学極限ナノエレクトロニクスセンター(三重) 第四回CUTEシンポジウム:コンピュータ化学「分子動力学シミュレーションによるアミロイドβペプチドの集合と離散」

33.    奥村久士: 2016324 – 27日 同志社大学京田辺キャンパス(京都) 日本化学会第96春季年会特別企画「どこまで明らかになったか?自己組織化のメカニズム:アミロイド形成から人工系」「分子動力学シミュレーションによるアミロイド線維の離合集散」

34.    奥村久士: 2016218日 国立長寿医療研究センター(愛知) CAMDセミナー「分子動力学シミュレーションで探るアミロイドβペプチドの凝集、離散」

35.    奥村久士: 2015105 – 7日 西浦温泉ホテルたつき(愛知) 第2回新学術領域研究「動的秩序と機能」若手研究会「アミロイド線維の分子動力学シミュレーション」

36.    奥村久士: 201584 – 6日 兵庫県立淡路夢舞台国際会議場(兵庫) 新学術領域「動的秩序と機能」全体班会議「親水性/疎水性溶液界面でのアミロイドベータペプチド凝集機構の理論的研究」

37.    奥村久士: 2015129 – 30日 分子科学研究所(愛知) スーパーコンピュータワークショップ2015「アミロイド線維の形成初期過程と破壊の分子動力学シミュレーション」

38.    奥村久士: 20141112 – 14日 仙台市民会館(宮城) 第28回分子シミュレーション討論会 学術賞受賞講演「生体分子系,液体系における分子動力学シミュレーション手法の開発と応用」

39.    奥村久士: 20141030 – 31日 三重大学極限ナノエレクトロニクスセンター(三重) 第二回CUTEシンポジウム「アミロイド線維の破壊と形成初期過程の分子動力学シミュレーション」

40.    奥村久士: 201484 – 7日 粟津温泉おびし荘(石川) 新学術領域「動的秩序と機能」全体班会議「親水性/疎水性溶液界面でのアミロイドベータペプチド凝集機構の理論的研究」

41.    奥村久士: 201466日 岡崎統合バイオサイエンスセンター(愛知) 山手イブニングセミナー「キャビテーションによるアミロイド破壊の非平衡分子動力学シミュレーション」

42.    奥村久士: 2014327 – 30日 東海大学(神奈川) 日本物理学会 第69回年次大会 シンポジウム:理論物質科学の最前線:レア・イベントを中心として「タンパク質におけるレア・イベントを効率よく引き起こす分子動力学シミュレーション:拡張アンサンブル法」

43.    奥村久士: 201434 – 7日 電気通信大学(東京) 計測自動制御学会 1回制御部門マルチシンポジウム「拡張アンサンブル法によるタンパク質の分子動力学シミュレーション」

44.    奥村久士: 20131120 – 21日 伊良湖ビューホテル(愛知) 山田研究会・統合バイオサイエンスシンポジウム 次世代バイオサイエンスの可能性 要素から全体へ:ポストゲノム時代における統合的生命科学研究はどうあるべきか?「アミノ酸・タンパク質・タンパク質複合体の階層をつなぐ計算分子科学:アミロイド線維形成を理解するために」

45.    奥村久士: 2013125日 日本原子力研究開発機構関西光科学研究所(奈良) 「一部のポテンシャルエネルギーに注目した拡張アンサンブル分子動力学法の開発とペプチドへの応用」

46.    奥村久士: 201261 – 2日 分子科学研究所(愛知) アジア連携分子研研究会「溶液・ソフトマターの新局面:実験及び理論研究手法の開拓と新規物性探索への展開」「マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学シミュレーションによるタンパク質の温度・圧力変性」

47.    奥村久士: 2012319 – 20日 鳥取大学(鳥取) 自然科学研究機構・若手研究者による分野間連携プロジェクト「非平衡を制御する科学」第2回研究会「タンパク質シミュレーションのための新しい拡張アンサンブル分子動力学法」

48.    奥村久士: 2012210 – 11日 安保ホール(愛知) 「自然科学における階層と全体」シンポジウム「拡張アンサンブル分子動力学法によるタンパク質の温度・圧力変性」

49.    奥村久士: 2011929 – 30日 核融合科学研究所(岐阜) 自然科学研究機構・若手研究者による分野間連携プロジェクト「非平衡を制御する科学」第1回研究会「拡張アンサンブル分子動力学法の開発とタンパク質への応用」

50.    奥村久士,水谷文保: 2011124 – 25日 分子科学研究所(愛知) スーパーコンピュータワークショップ2011IMSライブラリ構想」

51.    奥村久士: 2011118 – 19日 安保ホール(愛知) 「自然科学における階層と全体」シンポジウム「生体系における分子動力学シミュレーション手法の開発―機構内連携を目指して―」

52.    奥村久士: 20101028日 分子科学研究所(愛知) 第1回「自然科学における階層と全体に関する新たな学術分野の開拓」ワークショップ「分子動力学シミュレーション手法の開発と核融合科学との連携」

53.    奥村久士: 2010914 – 15日 核融合科学研究所(岐阜) 第4回シミュレーション科学シンポジウム「分子動力学シミュレーション手法の最近の進展プラズマ科学との連携に向けて

54.    奥村久士: 20091117日 九州大学大学院理学府化学専攻(福岡) 「新しい拡張アンサンブル分子動力学法の生体系への応用:マルチバーリック・マルチサーマル法と部分的マルチカノニカル法」

55.    奥村久士: 200892023日 岩手大学(岩手) 日本物理学会 2008年秋季大会 シンポジウム:第一原理計算手法に基づくマルチスケールシミュレーションの展望「生体系における拡張アンサンブル分子動力学法の発展:マルチカノニカル法を越えて」

56.    奥村久士: 2008714日 東京大学大学院工学系研究科物理工学専攻(東京) 伊藤研セミナー「生体系における新しい拡張アンサンブル分子動力学法:マルチバーリック・マルチサーマル法と部分的マルチカノニカル法」

57.    奥村久士: 20071217日 理化学研究所(埼玉) 第5回理論・計算科学セミナー「圧力を制御する拡張アンサンブル法によるアラニンジペプチドの分子動力学シミュレーション」

58.    奥村久士: 2007830日 新潟大学大学院自然科学研究科(新潟) 量子科学特別講義Ⅰ講演会「マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法の最近の成果」

59.    奥村久士: 2007625日 慶應義塾大学理工学部(神奈川) 泰岡研究室セミナー「マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法による生体分子の温度・圧力依存性」

60.    奥村久士: 20061211日 名古屋大学大学院理学研究科(愛知) 物理学教室講演会「圧力を制御する拡張アンサンブル法による生体分子のシミュレーション」

61.    奥村久士: 2005125日 防衛大学校(神奈川) 「定温定圧アンサンブルを生成する拡張アンサンブルシミュレーション」

62.    奥村久士: 20051116日 同志社大学(京都) 第28回溶液化学シンポジウム プレシンポジウム「新しい拡張アンサンブル法-マルチバーリック・マルチサーマル法-による液体の分子シミュレーション」

63.    奥村久士: 2005228 32日 京都大学基礎物理学研究所(京都) 京都大学基研研究会:モンテカルロ法の新展開3「マルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルにおけるレナード・ジョーンズ流体のシミュレーション」

64.    奥村久士: 200472123日 分子科学研究所(愛知) 分子研研究会:分子機能の物理化学-理論・計算化学と分光学による新展開「液体のマルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルシミュレーション」

65.    奥村久士: 2004513日 京都大学大学院理学研究科化学専攻(京都) 液体のひろば14「拡張定温定圧アンサンブルシミュレーション法-マルチバーリック・マルチサーマル法-による液体のシミュレーション」

66.    奥村久士: 20031031日 東京大学大学院工学系研究科物理工学専攻(東京) 宮下・伊藤・藤堂研合同セミナー「新しい拡張アンサンブルシミュレーション-マルチバーリック・マルチサーマルモンテカルロ法-」

67.    奥村久士: 2003835日 京都府立ゼミナールハウス(京都) 第15回液体の化学夏の学校「体積粘性率の新しい表式:液体水銀の金属-非金属転移領域における異常の解釈」

68.    奥村久士: 2003411日 名古屋工業大学大学院工学研究科(愛知) 名工大物理工学セミナー「2体分布関数と粒子間ポテンシャルを用いて書き表した体積粘性率の新しい表式」

69.    奥村久士: 2002711日 理化学研究所(埼玉) Computational Science Division セミナー「液体の統計力学的性質の理論的研究-気液相転移と体積粘性率-」

 

他大学での集中講義(3日間)

1.       奥村久士: 2020121618日 金沢大学大学院理工学域(石川) 数物科学系特別講義「分子動力学シミュレーション」

2.       奥村久士: 201971618日 九州大学大学院理学研究科(福岡) 化学特別講義「拡張アンサンブル分子動力学法と生物化学への応用」

3.       奥村久士: 201891921日 福井大学大学院工学研究科(福井) 分子科学特別講義「分子動力学シミュレーション」

4.       奥村久士: 200782930日 新潟大学大学院自然科学研究科(新潟) 量子科学特別講義Ⅰ「分子動力学シミュレーション」

 

他大学でのオムニバス講義(1コマ)

1.       奥村久士: 2021519日 名古屋市立大学大学院薬学研究科(愛知) 創薬生命科学特別講義「分子動力学シミュレーションで見る病気関連生体分子」

2.       奥村久士: 2017614日 慶應義塾大学理工学部(神奈川) 理工学概論「分子動力学シミュレーション入門」

3.       奥村久士: 20151022日 名古屋大学理学部(愛知) 物性生物物理総合講義「分子動力学シミュレーションを使った研究に取り組んできて」

 

夏の学校、冬の学校などでの講義

1.       奥村久士: 202295 – 7日 分子科学研究所(愛知) 第16回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」

2.       奥村久士: 202197 – 9日 オンライン開催 第15回分子シミュレーションスクール「各種統計アンサンブルの生成法」

3.       奥村久士: 202094日 オンライン開催 第14回分子シミュレーションスクール「各種統計アンサンブルの生成法」

4.       奥村久士: 201992 – 5日 分子科学研究所(愛知) 第13回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」

5.       奥村久士: 201893 – 6日 分子科学研究所(愛知) 第12回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」

6.       奥村久士: 2018827 – 30日 長良川温泉ホテルパーク(岐阜) 第58回生物物理若手の会夏の学校「生体分子動力学シミュレーションの基礎」

7.       奥村久士: 201794 – 7日 分子科学研究所(愛知) 第11回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」

8.       奥村久士: 20161018 – 21日 分子科学研究所(愛知) 第10回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」

9.       奥村久士: 20151013 – 16日 分子科学研究所(愛知) 第9回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」

10.    奥村久士: 2015831 – 92日 国立大洲青少年交流の家(愛媛) 第27回液体の化学夏の学校「分子動力学法の基礎と液体系・生体分子系への応用」

11.    奥村久士: 20141014 – 17日 分子科学研究所(愛知) 第8回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」

12.    奥村久士: 20131023 – 25日 分子科学研究所(愛知) 第7回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法、拡張アンサンブル法」

13.    奥村久士: 20121211 – 14日 分子科学研究所(愛知) 第6回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法、拡張アンサンブル法」

14.    奥村久士: 20111212 – 15日 分子科学研究所(愛知) 第5回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法、拡張アンサンブル法」

15.    奥村久士: 201199 – 11日 岡山大学理学部附属牛窓臨海実験所(岡山)第15回分子シミュレーション夏の学校「分子シミュレーションにおける圧力制御,温度制御」

16.    奥村久士: 20101222 – 24日 分子科学研究所(愛知) 第4回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御手法」

17.    奥村久士: 20091215 – 18日 分子科学研究所(愛知) 第3回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「分子動力学計算における温度・圧力制御手法」

18.    奥村久士: 2005822 – 24日 神戸セミナーハウス(兵庫)第17回液体の化学夏の学校「分子動力学シミュレーション-基礎から拡張アンサンブル法まで-」

 

アウトリーチ活動、一般向け講演

1.       奥村久士: 202271日 岡崎北高校(愛知) 令和4年度あいちSTEMハイスクール研究指定事業「分子研授業~授業の先に何があるのか~」「病気に関わるタンパク質をコンピュータシミュレーションで観察する」

2.       奥村久士: 2021116日 オンライン開催 日本物理学会名古屋支部公開講演会「計算物理学への誘い」「病気に関連するタンパク質に計算物理学で迫る」

3.       奥村久士: 2021119日 オンライン開催 HPCIオープンセミナー「スーパーコンピュータとCOVID-19」「分子動力学シミュレーションで見るCOVID-19ウイルスのRNAポリメラーゼとその阻害薬」

4.       奥村久士: 20171128日 東京大学伊藤謝恩ホール(東京) 日本物理学会2017年度公開講座「物理で探る生物の謎」「分子動力学シミュレーションで探るタンパク質の形と動き」

5.       奥村久士: 20171028日 新宿区立新宿文化センター(東京) 自然科学カフェの集い(第27回)「コンピューターシミュレーションで見るタンパク質」

 

テレビ出演

1.       NHKニュース 2020831

「スパコンで新型コロナ研究報告」

新型コロナウイルスのRNAポリメラーゼに薬剤(レムデシビル、アビガン)が結合する過程を解明した成果がNHKニュースで取り上げられた。(右に出演画面)

 

 

 

 

 

 

2.       ケーブルTVチャンネルミクス

202274

タウン通信「研究所と連携した理数授業」

岡崎北高校で行った高校生向け授業が報道された。(右に放送された授業風景)

 

 

 

 

 

 

 

受賞

1.       奥村久士,分子シミュレーション研究会学術賞「生体分子系 液体系における分子動力学シミュレーション手法の開発と応用」20141113.