原著論文（全て査読有り）
1. S. G. Itoh, M. Yagi-Utsumi,
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2. M. Yamauchi, G.
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and replica sub-permutation methods into LAMMPS”, Comput.
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3. D. Fukuhara, S.
G. Itoh, and H. Okumura: “Replica permutation with solute tempering for
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4. K. Miyazawa, S.
G. Itoh, Y. Yoshida, K. Arakawa, and H. Okumura: “Tardigrade
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5. M. Jindo, K. Nakamura, H. Okumura, K. Tsukiyama, and T. Kawasaki: “Application study of infrared
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6. M. X. Mori, R.
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Y. Imai, O. K. Polat, S. G. Itoh, H. Okumura,
Y. Mori, Y. Okamura, R. Inoue: “Critical role of pre-S1 shoulder and proximal
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7. 
H. Okumura, S. G. Itoh, K.
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disruption of amyloid fibrils observed by nonequilibrium molecular dynamics simulations”,
J. Phys. Chem. B 125 (2021) 4964–4976. 表紙に採択された（右図）
8. S. Tanimoto, S. G. Itoh, and H. Okumura: ““Bucket
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9. K. Miyazawa, S.
G. Itoh, H. Watanabe, T. Uchihashi, S. Yanaka, M. Yagi-Utsumi, K. Kato, K.
Arakawa, and H. Okumura: “Tardigrade secretory-abundant heat-soluble
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solution and keeps this structure in dehydration”, J. Phys. Chem. B 125
(2021) 9145–9154.
10. S. G. Itoh, S. Tanimoto,
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11. M. Yamauchi and
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replica-permutation molecular dynamics 
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12. T. H. D. Nguyen,
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14. K. Uchida, T. Kita,
M. Hatta, S. G. Itoh, H. Okumura, M. Tominaga, J. Yamazaki: “Involvement
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15. L. Le Nguyen
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16. T. Mizukami, S.
Furuzawa, S. G. Itoh, S. Segawa,
T. Ikura, K. Ihara, H. Okumura, H. Roder, and
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17. H. Okumura and S. G. Itoh:
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interfaces”, J. Chem. Phys. 151 (2020)
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18. N. Muraki, K.
Ishii, S. Uchiyama, S. G. Itoh, H. Okumura, S. Aono:
“Structural characterization of HypX responsible for
CO biosynthesis in the maturation of NiFe-hydrogenase”,
Commun. Biol. 2
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19. 
M. Yamauchi and
H. Okumura: “Replica sub-permutation method for molecular dynamics and
Monte Carlo simulations”, J. Comput. Chem. 40
(2019) 2694–2711. 表紙に採択された（右図）
20. S. Yanaka, R. Yogo, R. Inoue, M. Sugiyama,
S. G. Itoh, H. Okumura, Y. Miyanoiri, H. Yagi,
T. Satoh, T. Yamaguchi, and K. Kato: “Dynamic views of the Fc region of
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21. Y. Tachi, Y.
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22. S. G. Itoh, M.
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23. K. Kerdpol, J. Kicuntod, P. Wolschann, S. Mori, C. Rungnim, M.
Kunaseth, H. Okumura, N. Kungwan,
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24. Y. Tachi, Y.
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25. Y. Mori, H.
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fluorescence response of anti-c-Myc Quenchbody studied by molecular dynamics simulations”, Chem.
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27. M. Yamauchi and
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28. H. Okumura and S. G. Itoh:
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29. R. Gupta, S.
Saito, Y. Mori, S. G. Itoh, H. Okumura, and M. Tominaga: “Structural
basis of TRPA1 inhibition by HC-030031 utilizing species-specific differences”,
Sci. Rep. 6 (2016) 37460 (14 pages).
30. 
H. Nishizawa
and H. Okumura: “Rapid QM/MM approach for biomolecular systems under
periodic boundary conditions: Combination of the density-functional
tight-binding theory and particle mesh Ewald method”, J. Comput. Chem. 37 (2016) 2701–2711. 表紙に採択された（右図）
31. S. G. Itoh and H.
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the Hamiltonian replica-permutation molecular dynamics simulation”, J. Phys.
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32. W. Khuntawee, T. Rungrotmongkol, P. Wolschann,
P Pongsawasdi, N. Kungwan, H.
Okumura, and S. Hannongbua: “Conformation study of ε-cyclodextrin:
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33. Y. Mori and H.
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34. H. Nishizawa
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35. K. Inagaki, T.
Satoh, S. G. Itoh, H. Okumura, and K. Kato: “Redox-dependent
conformational transition of catalytic domain of protein disulfide isomerase indicated
by crystal structure-based molecular dynamics simulation”, Chem. Phys. Lett. 618 (2015) 203–207.
36. H. Okumura and S. G. Itoh:
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dynamics simulations”, J. Am. Chem. Soc. 136
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37. S. G. Itoh and H.
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Hamiltonian replica-permutation molecular dynamics simulations”, J. Phys. Chem.
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38. Y. Mori and H.
Okumura: “Molecular dynamics study on the structural changes of helical peptides
induced by pressure”, Proteins 82
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39. H.-L. Chiang, C.-J.
Chen, H. Okumura, and C.-K. Hu: “Transformation between α-helix and β-sheet
structures of one and two polyglutamine peptides in explicit water molecules by
replica-exchange molecular dynamics simulations”, J. Comput. Chem. 35 (2014) 1430–1437.
40. H. Okumura, S. G. Itoh,
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Nosé-Hoover and Nosé-Poincaré molecular dynamics simulations”, J. Phys. Soc.
Jpn. 83 (2014) 024003 (5 pages).
41. S. G. Itoh and H.
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on ensemble averages for the Nosé-Hoover thermostat”, J. Chem. Phys. 139 (2013) 064103 (10 pages).
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simulated tempering molecular dynamics simulations”, J. Phys. Chem. Lett. 4 (2013) 2079–2083.
44. H. Okumura and S. G. Itoh:
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structures by a helix-strand replica-exchange molecular dynamics simulation”, Phys.
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reconstruction of free-energy profiles using logarithmic mean-force dynamics”,
J. Comput. Chem. 34 (2013) 1375–1384.
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Okumura: “Coulomb replica-exchange method: Handling electrostatic attractive
and repulsive forces for biomolecules”, J. Comput. Chem. 34 (2013) 622–639.
48. T. Sakaguchi
and H. Okumura: “Cutoff effect in the Nosé-Poincaré and Nosé-Hoover thermostats”,
J. Phys. Soc. Jpn. 82 (2013) 034001
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49. C. Rungnim, T. Rungrotmongkol, S. Hannongbua, and H.
Okumura: “Replica exchange molecular dynamics simulation of chitosan for
drug delivery system based on carbon nanotube”, J. Mol. Graphics Modell. 39 (2013) 183–192.
50. H. Okumura: “Temperature
and pressure denaturation of chignolin: Folding and unfolding simulation by
multibaric-multithermal molecular dynamics method”, Proteins 80 (2012) 2397–2416.
51. H. Nomura, T. Koda, and H. Okumura: “Probing a non-biaxial behavior
of infinitely thin hard platelets”, J. Phys. Soc. Jpn. 81 (2012) 114003 (6 pages).
52. T. Morishita,
S. G. Itoh, H. Okumura, and M. Mikami:
“Free-energy calculation via mean-force dynamics using a logarithmic energy
landscape”, Phys. Rev. E 85 (2012)
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Okumura: “Length dependence of polyglycine
conformations in vacuum”, J. Phys. Soc. Jpn. 80 (2011) 094801 (8 pages).
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of partial multicanonical molecular dynamics simulations applied to an alanine
dipeptide in explicit water”, Phys. Chem. Chem. Phys. 13 (2011) 114–126.
55. S. G. Itoh, H.
Okumura, and Y. Okamoto: “Replica-exchange method in parameter space: overcoming
steric restrictions for biomolecules”, J. Chem. Phys. 132 (2010) 134105 (8 pages).
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molecular dynamics simulations”, J. Phys. Chem. B 112 (2008) 12038–12049.
59. H. Okumura and Y. Okamoto:
“Multibaric-multithermal molecular dynamics simulation of alanine dipeptide in
explicit water”, Bull. Chem. Soc. Jpn. 80 (2007) 1114–1123.
60. H. Okumura, S. G. Itoh, and
Y. Okamoto: “Explicit symplectic integrators of molecular dynamics algorithms
for rigid-body molecules in the canonical, isobaric-isothermal, and related ensembles”,
J. Chem. Phys. 126 (2007) 084103 (17 pages).
61. H. Okumura and D. M.
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between molecular dynamics simulation and classical hydrostatics”, Phys. Rev. E
74 (2006) 061201 (10 pages).
62. D. M. Heyes, M.
Cass, A. C. Brańka, and H. Okumura: “First derivative of the hard-sphere
radial distribution function at contact”, J. Phys.: Condens. Matter 18 (2006) 7553–7558.
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Weeks-Chandler-Andersen fluid”, J. Chem. Phys. 124 (2006) 164507 (8 pages).
64. D. M. Heyes and
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ensemble molecular dynamics simulations”, J. Comput. Chem. 27 (2006) 379–395.
66. H. Okumura and Y. Okamoto:
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J. Phys. Soc. Jpn. 73 (2004) 3304–3311.
67. H. Okumura and D. M.
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nonstationary thermal processes in a liquid”, Phys. Rev. E 70 (2004) 061206 (11 pages).
68. H. Okumura and Y. Okamoto:
“Monte Carlo simulations in generalized isobaric-isothermal ensembles”, Phys.
Rev. E 70 (2004) 026702 (14 pages).
69. H. Okumura and Y. Okamoto:
“Molecular dynamics simulations in the multibaric-multithermal ensemble”, Chem.
Phys. Lett. 391 (2004) 248–253.
70. H. Okumura and Y. Okamoto:
“Monte Carlo simulations in multibaric-multithermal ensemble”, Chem. Phys.
Lett. 383 (2004) 391–396.
71. H. Okumura and N. Ito: “Nonequilibrium
molecular dynamics simulations of a bubble”, Phys. Rev. E 67, (2003)
045301(R) (4 pages).
72. H. Okumura and F. Yonezawa: “Bulk viscosity in the case of the interatomic
potential depending on density”, Phys. Rev. E 67 (2003) 021205 (7 pages).
73. H. Okumura and F. Yonezawa: “New formula for the bulk viscosity constructed
from the interatomic potential and the pair distribution function”, J. Chem.
Phys. 116 (2002) 7400–7410.
74. H. Okumura and F. Yonezawa: “Approximate formula for bulk viscosity”, J.
Phys. Soc. Jpn. 71 (2002) 685–688.
75. J. Koga, H.
Okumura, K. Nishio, T. Yamaguchi, and F. Yonezawa:
“Simulational analysis of the local structure in liquid germanium under pressure”,
Phys. Rev. B 66 (2002) 064211 (10 pages).
76. H. Okumura and F. Yonezawa: “Reliable determination of the liquid-vapor
critical point by the NVT plus test particle method”, J. Phys. Soc. Jpn.
70 (2001) 1990–1994.
77. H. Okumura and F. Yonezawa: “Expansion type of model fluids”, J. Phys. Soc.
Jpn. 70 (2001) 1006–1009.
78. H. Okumura and F. Yonezawa: “Liquid-vapor coexistence curves of several
interatomic model potentials”, J. Chem. Phys. 113 (2000) 9162–9168.
総説（査読有り）
1. H. Okumura, and, S. G.
Itoh: “Molecular dynamics simulation studies on the aggregation of amyloid-β
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2. S. Tanimoto,
S. G. Itoh, and H. Okumura: “State of the art molecular dynamics simulation
studies of RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2”, Int. J. Mol. Sci. 23 (2022) 10358 (19 pages).
3. Y. Tachi, S.
G. Itoh, and H. Okumura: “Molecular dynamics simulations of amyloid-β
peptides in heterogeneous environments”, Biophys. Physicobiol. 19 (2022) e190010 (18 pages).
4. S. G. Itoh
and H. Okumura: “Promotion and inhibition of amyloid-β peptide
aggregation: molecular dynamics studies”, Int. J. Mol. Sci. 22 (2021) 1859 (14 pages).
5. M. Yamauchi,
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algorithms in isothermal-isobaric ensemble”, Biophysical Reviews 11 (2019) 457–469.
6. H. Okumura, M. Higashi,
Y. Yoshida, H. Sato, and R. Akiyama: “Theoretical approaches for dynamical
ordering of biomolecular systems”, BBA - General Subjects 1862 (2018) 212–228.
7. H. Okumura: “Generalized-ensemble
molecular dynamics and Monte Carlo algorithms beyond the limit of the
multicanonical algorithm”, Adv. Nat. Sci.: Nanosci. Nanotechnol. 1 (2010)
033002 (8 pages).
8. S. G. Itoh, H. Okumura, and
Y. Okamoto: “Generalized-ensemble
algorithms for molecular dynamics simulations”, Mol. Sim. 33 (2007) 47–56.
9. 奥村久士：「赤外自由電子レーザによるアミロイド線維破壊の分子動力学シミュレーション」レーザ加工学会誌 29 (2022) 160–165.
10. 谷本勝一，伊藤暁，奥村久士：「新型コロナウイルスのRNA依存性RNAポリメラーゼによるリガンド認識の分子動力学シミュレーション」シミュレーション 41 (2022) 83–94.
11. 奥村久士：「アミロイドβ(16–22)ペプチドの凝集と凝集阻害剤の分子動力学シミュレーション」シミュレーション 40 (2021) 16–21.
12. 多知裕平，奥村久士：「糖鎖クラスターとの結合によるアミロイドβの構造変化」生物物理 61 (2021) 186–188.
13. 森義治，奥村久士：「分子動力学シミュレーションで探るタンパク質・ペプチドの圧力変性」生物物理 56 (2016) 212–216.
14. 伊藤暁，奥村久士：「レア・イベントを捕えるための新たな分子シミュレーション手法－アミロイド線維形成の理解に向けた取り組み－」日本物理学会誌 71 (2016) 463–468.
15. 奥村久士：「分子動力学シミュレーションにおける新しい拡張アンサンブル法：マルチバーリック・マルチサーマル法」日本物理学会誌 63 (2008) 291–295.
16. 奥村久士, 米沢富美子：「液体水銀の金属－非金属転移領域における体積粘性率異常の理論」固体物理 38 (2003)
57–64.
17. 奥村久士, 米沢富美子：「臨界点近傍の気液共存線の理論的決定－従来の方法の限界を凌駕する新しい方法の提案－」固体物理 36 (2001)
1–9.
総説（査読無し）
1. 奥村久士：「タンパク質の折りたたみ、変性、凝集、アミロイド線維：生体分子動力学シミュレーションの最前線」分子研レターズ 70 (2014) 4–7.
2. 奥村久士：「マルチバーリック・マルチサーマル法と部分的マルチカノニカル法」分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 12 No.2（通巻50号） (2010) 23–27.
3. 奥村久士：「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第6回：マルチカノニカル法とマルチバーリック・マルチサーマル法」（連載解説）分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 12 No.1（通巻49号） (2010) 64–69.
4. 奥村久士：「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第5回：パリネロ・ラーマンの方法，圧力一定のガウス束縛法，圧力一定のベレンゼンの方法」（連載解説）分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 11 No.4（通巻48号） (2009) 26–30.
5. 奥村久士：「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第4回：アンダーセンの方法と能勢・アンダーセンの方法」（連載解説）分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 11 No.3（通巻47号） (2009) 22–26.
6. 奥村久士：「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第3回：速度スケーリング法，ガウス束縛法，ベレンゼン熱浴」（連載解説）分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 11 No.2（通巻46号） (2009) 43–46.
7. 奥村久士：「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第2回：シンプレクティック解法と能勢・ポアンカレ熱浴」（連載解説）分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 11 No.1（通巻45号） (2009) 35–40.
8. 奥村久士：「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御 第1回：能勢の熱浴と能勢・フーバー熱浴」（連載解説）分子シミュレーション研究会会誌 アンサンブル 10 No.4（通巻44号） (2008) 29–33.
9. 奥村久士, 岡本祐幸：「マルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルにおけるレナード・ジョーンズ流体のシミュレーション」物性研究 85 (2005)
341–346.
10. 奥村久士：「液体の熱力学的性質の理論的研究－気液相転移と体積粘性率－」分子シミュレーション研究会ニュースレター アンサンブル 4 No.3（通巻19号） (2002) 8–9.
国際会議プロシーディング（査読有り）
1. Y. Mori and H. Okumura:
“Molecular dynamics simulation study on the high-pressure behaviour
of an AK16 peptide”, Mol. Sim. 41 (2015) 1035–1040, The 3rd International Conference on Molecular
Simulation, Kobe, Japan, 2013.
2.
S. G. Itoh and H. Okumura: “Replica-permutation
method to enhance sampling efficiency”, Mol. Sim. 41 (2015) 1021–1026, The 3rd International Conference on Molecular
Simulation, Kobe, Japan, 2013.
3. H. Okumura: “Free-energy
calculation of a protein as a function of temperature and pressure: multibaric-multithermal
molecular dynamics simulations”, Proceedings
of the 12th Joint European Thermodynamics Conference, JETC 2013, 494–498, Brescia,
Italy, 2013.
4.
H. Okumura and S. G.
Itoh: “Non-equilibrium Molecular Dynamics Simulation of Amyloid Destruction by
Cavitation”, Proceedings of the 4th
Asian Symposium on Computational Heat Transfer and Fluid Flow, ASCHT0199-T05-1-P (8 pages), Hong Kong, China,
2013.
5.
A. M. Ito, H. Okumura, S. Saito,
and H. Nakamura: “Examination of temperature dependence of chemical sputtering
on graphite by comparing the Langevin and Berendsen thermostats”, Plasma and Fusion Research 5 (2010) S2020 (4 pages), The 19th
International Toki Conference on Advanced Physics in Plasma and Fusion Research,
Toki, Japan, 2009.
6.
H. Okumura: “Hydrodynamics in a nanoscale
liquid: comparisons with molecular dynamics in non-stationary processes”, Mol.
Phys. 104 (2007) 3751–3756, 7th Liblice Conference on the Statistical Mechanics of Liquids,
Lednice, Czech Republic, 2006.
7.
H. Okumura and Y. Okamoto: “Multibaric-multithermal molecular dynamics
simulation: Generalized Nosé-Poincaré-Andersen method”, Mol. Sim. 33 (2007)
91–96, International Symposium on Progress
and Future Prospects in Molecular Dynamics Simulation - In Memory of Professor
Shuichi Nosé -, Yokohama, Japan, 2006.
8.
H. Okumura and Y. Okamoto: “Molecular simulations in the multibaric-multithermal
ensembles”, Comput. Phys. Commun. 169
(2005) 317–321, Conference on
Computational Physics 2004, Genoa, Italy, 2004.
9.
H. Okumura and Y. Okamoto: “Multibaric-multithermal ensemble
simulations for fluid systems”, Physica A 350
(2005) 150–158, The 7th Taiwan
International Symposium on Statistical Physics, Taipei, Taiwan, 2004.
10.
H. Okumura and Y. Okamoto: “Multibaric-multithermal ensemble
simulation for simple liquids”, Mol. Sim. 30 (2004) 847–852, Joint Meeting: International Conference on
Molecular Simulation and Computational Science Workshop 2004, Tsukuba, Japan,
2004.
11.
H. Okumura and F. Yonezawa: “New expression
of the bulk viscosity”, Physica A 321 (2003)
207–219, The 6th Taiwan International
Symposium on Statistical Physics, Taipei, Taiwan, 2002.
12.
H. Okumura and F. Yonezawa: “Precise
determination of the liquid-vapor critical point by the NVT plus test
particle method”, J. Non-cryst. Solids 312–314 (2002) 256–259, The 11th International Conference on Liquid
and Amorphous Metals, Yokohama, Japan, 2001.
13.
H. Okumura and F. Yonezawa: “Bulk viscosity
in a density-dependent-potential system”, J. Non-cryst. Solids 312-314
(2002) 260-264, The 11th International
Conference on Liquid and Amorphous Metals, Yokohama, Japan, 2001.
14.
J. Koga, H. Okumura, K. Nishio, T. Yamaguchi, and F. Yonezawa: “Simulational study of liquid germanium under
pressure”, J. Non-cryst. Solids 312–314 (2002) 95–98, The 11th International Conference on Liquid
and Amorphous Metals, Yokohama, Japan, 2001.
15.
H. Okumura and F. Yonezawa: “Method for
liquid-vapor coexistence curves by test particle insertions in the canonical
ensemble”, J. Non-cryst. Solids 293–295 (2001) 715–718, The 8th International Conference on the
Structure of Non-Crystalline Materials, Aberystwyth, U.K., 2000.
16.
H. Okumura and F. Yonezawa: “Molecular
dynamics study of liquid-vapor coexistence curves and supercritical fluids” Physica B 296 (2001) 180–183, Symposium on Wave Propagation and Electronic
Structure in Disordered Systems, Heraklion, Greece, 2000.
17.
H. Okumura, H. Sueyoshi, and F. Yonezawa: “Liquid-vapor coexistence
curve and fluid structure”, Prog. Theor. Phys. Suppl. 138 (2000) 253–254,
The 5th International Conference on
Computational Physics, Kanazawa, Japan, 1999.
18.
H. Sueyoshi, H. Okumura, and F. Yonezawa:
“The relationship between the metal-nonmetal transition and the coordination
number in divalent systems”, Prog. Theor. Phys. Suppl. 138 (2000) 255–256,
The 5th International Conference on
Computational Physics, Kanazawa, Japan, 1999.
国際会議プロシーディング（査読無し）
1.
H. Okumura and Y. Okamoto: “Multibaric-multithermal simulations for
Lennard-Jones fluids”, in Computer
Simulation Studies in Condensed Matter Physics XVII, Eds. D. P. Landau, S.
P. Lewis, and H.-B. Schuettler
(Springer Verlag, Berlin, Germany, 2005) 146–150, 17th Annual
Workshop: Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed
Matter Physics, Georgia, U.S.A., 2004.
2.
H. Okumura and Y. Okamoto: “Monte Carlo simulations in new generalized
isobaric-isothermal ensemble”, Trans. MRS-J. 29 (2004) 3783–3786, The
8th IUMRS International Conference on Advanced Materials, Yokohama, Japan, 2003.
著書
1.
H. Okumura, T. Kawasaki, and K. Nakamura: “Probing protein misfolding
and dissociation with an infrared free-electron laser”, in Methods in Enzymology, Ed.
Arun K. Shukla (Academic Press, Cambridge,
U.S.A., 2022), Volume 678/679 “Integrated Methods in Protein Biochemistry: Part B/C”, Chap. 9, Pages XXX–XXX.
2. S. G. Itoh and H. Okumura: “All-atom
Molecular Dynamics Simulation Methods for Aggregation of Protein and Peptides:
Replica-exchange/permutation and Nonequilibrium Simulations”, in Computer Simulations of Aggregation of
Proteins and Peptides, Eds. M.S. Li, A. Kloczkowski,
M. Cieplak, and M. Kouza (Humana
Press, New York, U.S.A., 2022), Chap. 10, Pages 197–220.
3. H. Okumura: “All-Atom
Multibaric-Multithermal Molecular Dynamics Simulations of Proteins”, in Models in Bioscience and Materials Research:
Molecular Dynamics and Related Techniques, Ed. K. Kholmurodov
(Nova Science, New York, USA, 2012), Chap. 6, Pages 56–68.
4. H. Okumura, S. G. Itoh, and Y. Okamoto: “Generalized-Ensemble
Algorithms for Simulations of Complex Molecular Systems”, in Practical Aspects of Computational Chemistry
II An Overview of the Last Two Decades and Current Trends, Eds. J. Leszczynski and M. K. Shukla (Springer, Dordrecht, Germany,
2012), Chap. 4, Pages 69–101.
5. 伊藤暁，奥村久士：「マテリアルズ・インフォマティクスによる材料開発と活用集」第10章第3節「分子動力学シミュレーションによるアミロイド線維の形成と破壊」技術情報協会 (2019) 431–438.
6. 奥村久士：「In Silico 創薬」第4章第1節「高速計算プログラムGEMBによる分子動力学シミュレーションの実際」技術情報協会 (2018) 317–327.
訳書
1. P. R. Bergethon
著, 谷村吉隆, 佐藤啓文, 依田隆夫, 秋山良, 藤原進, 奥村久士 訳：「ベルゲソン 生化学の物理的基礎」（原題 The Physical Basis of
Biochemistry: The Foundations of Molecular Biophysics）シュプリンガー・フェアラーク東京 (2004).
国際会議招待講演
1. H. Okumura: 19–23 February
2023, Asia and Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry (APATCC-10),
International Centre for Interdisciplinary Science and Education, Quy Nhon, Vietnam “Generalized-ensemble and nonequilibrium
molecular dynamics simulations of protein aggregates”
2. H. Okumura: 15–16 December
2022, 4th International Conference on Materials Research and Innovation, The Emerald
Hotel, Bangkok, Thailand “Protein aggregation and disaggregation by generalized-ensemble
and nonequilibrium molecular dynamics simulations”
3. H. Okumura: 26–29 October
2022, 18th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering,
Galaxy Hotel, Heraklion, Greece “Disaggregation of amyloid-β aggregates
observed by nonequilibrium molecular dynamics simulations”
4. H. Okumura: 15–17
December 2021, 3rd International Conference on Materials Research and
Innovation, on line, “Molecular dynamics simulation of disease-related
biomolecules”
5. H. Okumura: 14 May 2021, Skype
seminar, on line, “Role of water molecules and helix-structure stabilization in
the laser-induced disruption of amyloid fibrils observed by nonequilibrium
molecular dynamics simulations”
6. H. Okumura: 26–27 October
2020, International Symposium “Frontier of structures and dynamics of water by
advanced spectroscopic techniques”, The Annual meeting of the Spectroscopical
Society of Japan, on line, “Role of water molecules in disruption of protein
aggregates observed by non-equilibrium molecular dynamics simulations”
7. H. Okumura: 22–24 December
2019, IMS-PCOSS Bilateral Symposium, Xiamen University, Xiamen, China “Molecular
dynamics simulations for aggregation of amyloid-β peptides”
8. H. Okumura: 17–18 December
2019, 2nd International Conference on Materials Research and Innovation, Kasetsart
University, Bangkok, Thailand “Molecular insight into protein aggregation by
computer simulation”
9. H. Okumura: 27–29 June
2019, The 23rd International Annual Symposium on Computational Science and
Engineering (ANSCSE23), Chiang Mai University, Chiang Mai, Thailand “Molecular
dynamics simulations of full-length amyloid-β peptides”
10. H. Okumura: 21 June 2019,
Taiwan IBC-ExCELLS MOU Workshop 2019, Institute of Biological Chemistry
Seminar, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Molecular dynamics simulations of
proteins”
11. H. Okumura: 1–5 May 2019,
15th International Conference of Computational Methods in Sciences and
Engineering, Sheraton Hotel, Rhodes, Greece “All-atom molecular dynamics simulations
of amyloid-β aggregates”
12. H. Okumura: 20 November
2018, Institute of Biological Chemistry Seminar, Academia Sinica, Taipei, Taiwan
“Molecular dynamics simulations of aggregates of amyloid-β peptides”
13. H. Okumura: 19 November
2018, Seminar at Department of Chemistry, Tamkang
University, New Taipei City, Taiwan “Molecular dynamics study of amyloid-β aggregates”
14. H. Okumura: 27–31 October
2018, 14th Rencontres du Vietnam Computational Biophysics at the Molecular and
Meso Scales, International Center for Interdisciplinary Science and Education, Quy Nhon, Vietnam “Molecular dynamics study of amyloid-β aggregates”
15. H. Okumura: 2–3 August 2018,
22nd International Annual Symposium on Computational Science and Engineering
(ANSCSE22), Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand “Simulational studies
of Aβ amyloid fibrils by molecular dynamics method”
16. H. Okumura: 8–11 July 2018,
Frontier Bioorganization Forum 2018, Exploratory
Research Center on Life and Living Systems, National Institutes of Natural
Sciences, Okazaki, Japan “Aggregation and disaggregation of amyloid-β peptides
studied by molecular dynamics simulations”
17. H. Okumura: 25 June 2018,
Statphys-Taiwan-2018: Workshop on Developments in Statistical, Nonlinear, and
Biological Physics, Institute of Physics, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Molecular
dynamics simulations to study aggregated amyloid β peptides”
18. H. Okumura: 21–24 May 2018,
7th Japan-Czech-Slovakia Symposium on Theoretical Chemistry, Institute of
Organic Chemistry and Biochemistry, Prague, Czech “Molecular dynamics simulations
of Aβ amyloid fibrils”
19. H. Okumura: 28 December
2017, 2017 NCTS December Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems,
National Tsing Hua University, Hsinchu, Taiwan “Amyloid fibril formation by molecular
dynamics simulations”
20. H. Okumura: 6–10 November
2017, EMN Meeting on Computation and Theory 2017, Trade Centre District, Dubai,
United Arab Emirates “Molecular dynamics simulations for aggregation and
disaggregation of amyloid-β peptides”
21. H. Okumura: 3–4 August
2017, 21st International Annual Symposium on Computational Science and
Engineering (ANSCSE21), Thailand Science Park, Pathum Thani, Thailand “Simulational
studies of Aβ amyloid fibrils by equilibrium and nonequilibrium molecular dynamics
method”
22. H. Okumura: 2 August 2017,
Seminar in Bioinformatics Program and Biochemistry Department, Chulalongkorn
University, Bangkok, Thailand “Replica-permutation simulation of biomolecules: Application
of the Suwa-Todo Monte Carlo algorithm”
23. H. Okumura: 14–15 July
2017, 3rd Japan-Thai workshop on Theoretical and Computational Chemistry 2017, Yokohama
City University, Yokohama, Japan “Molecular dynamics simulations of Aβ amyloid
fibrils in equilibrium and nonequilibrium systems”
24. H. Okumura: 22 June 2017,
2017 NCTS Seminars on Critical Phenomena and Complex Systems, National Tsing
Hua University, Hsinchu, Taiwan “All-atom molecular dynamics simulations of Aβ
amyloid fibrils”
25. H. Okumura: 21–25 April
2017, 13th International Conference of Computational Methods in Sciences and
Engineering, The MET Hotel, Thessaloniki, Greece “All-atom molecular dynamics simulations
to reveal dynamical ordering of amyloid fibril”
26. H. Okumura: 30–31 March
2017, 2017 NCTS March Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems,
National Tsing Hua University, Hsinchu, Taiwan “Molecular dynamics simulations for
fluctuation and disruption of amyloid fibril”
27. H. Okumura: 16–19 March
2017, International Symposium on Molecular Science - Physical
Chemistry/Theoretical Chemistry, Chemoinformatics,
Computational Chemistry, Keio University, Yokohama, Kanagawa, Japan “Molecular
dynamics simulations for creation and disruption of amyloid fibrils”
28. H. Okumura: 26–27 January
2017, Institute for Protein Research (IPR) Seminar, Osaka University, Suita, Osaka,
Japan “All-atom molecular dynamics simulations of Aβ amyloid fibrils”
29. H. Okumura: 16–20 January
2017, 10th International Conference on Computational Physics, Holiday Inn,
Sands Cotai Central, Macau, China “Equilibrium and nonequilibrium molecular dynamics
simulations of Aβ amyloid fibrils”
30. H. Okumura: 21–22
November 2016, Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat, Mikawawan Resort Linx, Nishio, Aichi, Japan “Computational molecular science to
reveal dynamical ordering of amyloid fibril”
31. H. Okumura: 14–16 November
2016, Thai-Japan Symposium in Chemistry, Chiang Mai
University, Chiang Mai, Thailand “Dynamical ordering of amyloid fibril studied
by molecular dynamics simulations”
32. H. Okumura: 5 October 2016,
2016 NCTS October Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, National
Tsing Hua University, Hsinchu, Taiwan “Molecular dynamics simulations to study
dynamical ordering of amyloid fibril”
33. H. Okumura: 6 July 2016, Free
Energy Landscape of Protein Folding and Dynamics by Simulations based on
Enhanced Conformational Sampling Algorithms, Nagoya University, Nagoya, Japan “Suwa-Todo
algorithm in generalized-ensemble algorithms: Replica-permutation and simulated
tempering methods”
34. H. Okumura: 2–3 June 2016,
8th IKUSTAR, Kasetsart University, Bangkok, Thailand “Molecular dynamics simulations
for assembly and disassembly of Aβ amyloid fibrils”
35. H. Okumura: 28–29 March
2016, 2016 NCTS March Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems,
National Tsing Hua University, Hsinchu, Taiwan “Molecular dynamics simulations of
amyloid fibrils”
36. H. Okumura: 15–17
February 2016, Eighth Japan-Korea Seminars on Biomolecular Sciences, Institute
for Molecular Science, Okazaki, Japan “Pressure induced structural change of
proteins by molecular dynamics simulations”
37. H. Okumura: 9–11 January
2016, Pure and Applied Chemistry International Conference 2016, Bangkok
International Trade & Exhibition Centre, Bangkok, Thailand “Molecular dynamics
simulations of proteins under high pressure”
38. H. Okumura: 15–20
December 2015, The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
2015 (Pacifichem 2015), Hawaii Convention Center, Honolulu,
Hawaii, USA “Molecular dynamics simulations for oligomerization and disruption
of amyloid-β fibril”
39. H. Okumura: 8–9 December
2015, Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat, Okazaki Institute
for Integrative Bioscience, Okazaki, Japan “Assembly and disassembly of Aβ
amyloid fibrils by molecular dynamics simulations”
40. H. Okumura: 24–25
November 2015, International workshop on complex phenomena from molecule to
society, University of Tokyo, Tokyo, Japan “Nonequilibrium molecular dynamics
simulation of amyloid-fibril disassembly by supersonic cavitation”
41. H. Okumura: 24–26 June
2015, 2015 Taiwan International Workshop on Biological Physics and Complex
Systems, National Taiwan University, Taipei, Taiwan “Molecular dynamics simulations
for aggregation and disaggregation of amyloid-β peptides”
42. H. Okumura: 20–23 March
2015, 11th International Conference of Computational Methods in Sciences and
Engineering, Metropolitan Hotel, Athens, Greece “Nonequilibrium and
generalized-ensemble molecular dynamics simulations for amyloid fibril”
43. H. Okumura: 10–11 January
2015, The 3rd International Symposium “Dynamical ordering of biomolecular
systems for creation of integrated functions”, Nemunosato,
Shima, Mie, Japan “All-atom molecular dynamics
simulations for amyloid fibril assembly and disassembly”
44. H. Okumura: 5–7 January
2015, 11th Thai Summer School of Computational Chemistry “Replica exchange molecular
dynamics simulation”, Rajamangala University of
Technology, Nan, Thailand “Thermodynamics and free energy calculation”
45. H. Okumura: 5–7 January 2015,
11th Thai Summer School of Computational Chemistry “Replica exchange molecular
dynamics simulation”, Rajamangala University of
Technology, Nan, Thailand “Molecular dynamics simulation and temperature
replica-exchange method”
46. H. Okumura: 17 December 2014,
Mini Symposium, Institute for Molecular Science, Okazaki, Japan “All-atom molecular
dynamics simulations of amyloid-fibril disruption and peptide oligomerization”
47. H. Okumura: 5–6 November
2014, Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat, Okazaki Institute
for Integrative Bioscience, Okazaki, Japan “Molecular dynamics simulations of
Aβ amyloid fibrils”
48. H. Okumura: 21–23 August
2014, 2nd International Conference on Computational Science and Engineering,
REX Hotel, Ho Chi Minh City, Vietnam “Molecular dynamics simulations for
amyloid fibril disruption and dimerization of amyloid-β peptides”
49. H. Okumura: 29 July – 1 August
2014, 2014 UST-Sokendai Joint Seminar on Computational Sciences, The University
of Science and Technology, Daejeon, Korea “Generalized-ensemble molecular dynamics
simulations”
50. H. Okumura: 4–7 April 2014,
10th International Conference of Computational Methods in Sciences and
Engineering, Metropolitan Hotel, Athens, Greece “Generalized-ensemble
algorithms to determine free-energy landscape of proteins”
51. H. Okumura: 8–10 January
2014, Pure and Applied Chemistry International Conference 2014, Centara Hotel
and Convention Centre, Khon Kaen, Thailand “Replica-permutation molecular dynamics
simulation of biomolecules”
52. H. Okumura: 6–7 January
2014, Joint IMS-KU workshop on molecular sciences towards green sustainability,
Kasetsart University, Bangkok, Thailand “Replica-permutation method for protein
simulation and amyloid disruption by cavitation in non-equilibrium molecular dynamics
simulation”
53. H. Okumura: 10–13
December 2013, Sokendai Asian Winter School, National
Institute for Fusion Science, Toki, Japan “Introduction to molecular dynamics
simulation and its application”
54. H. Okumura: 2–6 December
2013, 5th Japan-Czech-Slovakia International Symposium on Theoretical Chemistry,
Cultural Center of Todaiji-Temple, Nara,
Japan “Protein simulations by generalized-ensemble molecular dynamics method”
(poster)
55. H. Okumura: 25–27
November 2013, Sixth Japan-Korea Seminars on Biomolecular Sciences, Institute
for Molecular Science, Okazaki, Japan “Replica-permutation method for protein
simulations and pressure-induced denaturation”
56. H. Okumura: 11 November
2013, 2013 NCTS November Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Academia
Sinica, Taipei, Taiwan “Molecular dynamics simulations for amyloid disruption
by supersonic wave”
57. H. Okumura: 25 March 2013,
Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Manifold correction algorithm in molecular
dynamics simulation”
58. H. Okumura: 19–21 February
2013, 2nd International Symposium on Hierarchy and Holism, National Center of
Sciences, Tokyo, Japan “Manifold correction and generalized-ensemble algorithms
in molecular dynamics simulations”
59. H. Okumura: 20–21
November 2012, Indo-Japan Workshop on Recent Advances in Spectroscopy and
Microscopy: Fundamentals and Applications to Materials and Biology, Hyderabad
University, Hyderabad, India “Generalized-ensemble Molecular Dynamics
Simulations for Temperature and Pressure Denaturation of a Protein”
60. H. Okumura: 16 November
2012, 2012 NCTS November Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Academia
Sinica, Taipei, Taiwan “Helix-strand replica-exchange molecular dynamics method
and its application”
61. H. Okumura: 9–12
September 2012, 5th Japan-Russia International Workshop “Molecular Simulation
Studies in Material and Biological Sciences” 2012, Joint Institute for Nuclear
Research, Moscow, Russia “All-Atom Generalized-Ensemble Molecular Dynamics
Simulations of Proteins”
62. H. Okumura: 23–25 May
2012, The 17th Biophysics Conference of Biophysical Society of Republic of
China, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Multibaric-multithermal molecular
dynamics simulations for temperature and pressure denaturation of a protein”
63. H. Okumura: 13–16 April
2012, 2012 NCTS Spring Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Academia
Sinica, Taipei, Taiwan “New Type of the Hamiltonian Replica-Exchange Molecular
Dynamics Method”
64. H. Okumura: 10 April
2012, Seminar at National Dong-Hwa University, Physics Department, National
Dong-Hwa University, Hualien, Taiwan “Multibaric-multithermal molecular
dynamics simulations for temperature and pressure denaturation of an alanine
dipeptide and chignolin”
65. H. Okumura: 21–24 February
2012, Winter School of Asian Core Program, Beijing, Institute of Chemistry, Chinese
Academy of Sciences, China “Molecular dynamics simulations with
generalized-ensemble algorithms”
66. H. Okumura: 20 January 2012, Seminar at Chulalongkorn University, Department of Chemistry, Chulalongkorn
University, Bangkok, Thailand “Temperature and pressure denaturation of a
protein by all-atom generalized-ensemble molecular dynamics simulations”
67. H. Okumura: 9-11 January 2012, Forth Japan-Korea Seminar on Biomolecular
Sciences-Experiments and Simulations, Cultural Center of Todaiji-Temple, Nara,
Japan “Temperature and pressure denaturation of a protein and peptide by multibaric-multithermal
molecular dynamics simulations”
68. H. Okumura: 21–26 July 2011, 2011 Taiwan
International Workshop on Biological Physics and Complex Systems, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Temperature and pressure denaturation of a
protein by all-atom generalized-ensemble molecular dynamics simulations”
69. H. Okumura: 25–26 June 2011, The 5th
Mini-Symposium on Liquids, Okayama
University, Okayama, Japan “Protein
simulations by new generalized-ensemble molecular dynamics algorithms”
70. H. Okumura: 9–11 June 2011, 2011 NCTS June
Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Multibaric-multithermal molecular dynamics simulations of alanine
dipeptide and chignolin”
71. H. Okumura: 7–8 March 2011, The ACP 20th
workshop on Recent Development in Simulation Physics, University of Tokyo,
Tokyo, Japan “van der
Waals and Coulomb replica-exchange molecular dynamics simulations”
72. H. Okumura: 27 February - 1 March 2011, Third Japan-Korea Seminars on Biomolecular
Sciences, Lotte Hotel, Jeju, Korea “Partial
multicanonical and multibaric-multithermal molecular dynamics simulations of a
peptide”
73. H. Okumura: 30 November 2010, Seminar at Institute of Physics, Academia Sinica, Academia
Sinica, Taipei, Taiwan “Some molecular dynamics simulations of
Lennard-Jones fluid”
74. H. Okumura: 25–29 November 2010, 2010
NCTS November Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “New
generalized-ensemble algorithms for alanine dipeptide and polyalanine simulations”
75. H. Okumura: 12 October 2010, The ACP 17th workshop on Recent
Development in Computational Statistical Physics, University of Tokyo, Tokyo, Japan “Generalized-ensemble molecular
dynamics simulations of alanine dipeptide and polyalanine”
76. H. Okumura: 26–28 September 2010, Indo-Japan
Joint Workshop on New Frontiers in Molecular Spectroscopy; from Gas Phase to
Proteins, Hotel Kitano Plaza Rokkoso, Kobe, Japan “Generalized-ensemble molecular
dynamics simulations of a peptide”
77. H. Okumura: 27–31 July 2010, The 10th Taiwan
International Symposium on Statistical Physics, Academia Sinica, Taipei, Taiwan
“Generalized-ensemble molecular dynamics with limited degrees of freedom
for biomolecules”
78. H. Okumura: 1–5 February 2010, The First
International Workshop on Computational Biophysics, Vietnam National University Ho Chi Minh City, Vietnam “Generalized-ensemble
molecular dynamics simulations of alanine dipeptide”
79. H. Okumura: 22–23 December 2009, 2nd Japan-Korea
Seminar on Biomolecular Sciences Experiments and Simulations, Nagoya University, Japan “Multibaric-multithermal
and partial multicanonical molecular dynamics simulations of alanine dipeptide”
80. H. Okumura: 13–16 December 2009, The 4th Winter School of JSPS Asian CORE Program for
Frontiers of Materials, Photo-, and Theoretical Molecular Sciences, Seoul National University, Seoul, South Korea
“Generalized-ensemble molecular dynamics simulations for biomolecules”
81. H. Okumura: 10–15 December 2009, International
Workshop on Biophysics and Complex Systems 2009, Academia Sinica, Taipei,
Taiwan “Recent progress in generalized-ensemble molecular dynamics simulations
for biomolecules I”
82. H. Okumura: 10–15 December 2009, 2009 Taiwan International
Workshop on Biophysics and Complex Systems 2009, Academia Sinica, Taipei,
Taiwan “Recent progress in generalized-ensemble molecular dynamics simulations
for biomolecules II”
83. H. Okumura: 2 September 2009, Imperial College London, London, United Kingdom “Comparisons
between molecular dynamics simulation and hydrodynamics calculation:
nonequilibrium thermal processes and a bubble creation”
84. H. Okumura: 12–15 June 2009, 2009 NCTS June
Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, National Taiwan University,
Taipei, Taiwan “Generalized-ensemble molecular dynamics simulation of a peptide
by GEMB program I”
85. H. Okumura: 12–15 June 2009, 2009 NCTS June
Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, National Taiwan University,
Taipei, Taiwan “Generalized-ensemble molecular dynamics simulation of a peptide
by GEMB program II”
86. H. Okumura: 8–12 July 2008, The 9th Taiwan
International Symposium on Statistical Physics, Academia Sinica, Taipei, Taiwan
“Generalized-ensemble molecular dynamics simulations for small biomolecules”
87. H. Okumura: 6–11 August 2007, 2007 Taiwan
International Workshop on Biological Physics and Complex Systems Academia
Sinica, Taipei, Taiwan “Multibaric-multithermal molecular dynamics simulations
of alanine dipeptide”
88. H. Okumura: 18–21 May 2007, 2007 NCTS May Workshop on Critical Phenomena and Complex
Systems, Chinese Culture University and Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Temperature
and pressure dependence of a peptide studied by multibaric-multithermal molecular
dynamics simulations”
89. H. Okumura: 18–21 May 2007, 2007 NCTS May Workshop on Critical Phenomena and Complex
Systems, Chinese Culture University and Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Symplectic
molecular dynamics integrator for rigid-body molecules in the canonical
ensemble”
90. H. Okumura: 16–18 November 2006, The 3rd International Workshop Hangzhou 2006 on
Simulational Physics, Zhejiang University, Hangzhou, China “Generalized isobaric-isothermal
molecular dynamics simulations of alanine dipeptide”
91. H. Okumura: 17 October 2005, CCP5 Workshop: Challenges in
Mesoscale Models for Liquids: Simulation and Theory, University of Surrey,
Guildford, United Kingdom “Hydrodynamics in a nanoscale liquid: comparisons
of thermal relaxation processes with molecular dynamics”
92. H. Okumura: 22–26 June 2004, The 7th Taiwan International Symposium on Statistical
Physics, Academia Sinica, Taipei, Taiwan “Multibaric-multithermal
ensemble simulations for fluid systems”
国内会議招待講演
1. 奥村久士: 2022年12月26 – 27日 静岡県立大学草薙キャンパス Biothermology Workshop 2022「生体機能に重要な分子の全原子分子動力学シミュレーション」
2. 奥村久士: 2022年12月23日 山形大学理学部 離散数理セミナー「アミロイド線維の非平衡分子動力学シミュレーション」
3. 奥村久士: 2022年12月13 – 15日 立命館いばらきフューチャープラザ 第63回高圧討論会 シンポジウム：高圧力および関連する極限環境下の化学・生物・生命科学「非平衡分子動力学シミュレーションで見る極限環境下におけるアミロイド線維破壊」
4. 奥村久士: 2022年12月8 – 9日 三重大学 Mie Meeting of
Quantum Science 「アミロイドβペプチド凝集体の非平衡分子動力学シミュレーション」
5. 奥村久士: 2022年3月23日 オンライン開催 生理学研究所ネットワーク型研究加速事業報告会「病気に関係する生体分子の分子動力学シミュレーション」
6. 奥村久士: 2022年1月11 – 12日 オンライン開催 スーパーコンピュータワークショップ2021「新型コロナウイルスの増殖とアルツハイマー病の発症に関するタンパク質の分子動力学シミュレーション」
7. 奥村久士: 2022年1月7 – 9日 オンライン開催 第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム 企画講演：赤外自由電子レーザーによる物質研究の現状と未来展望「分子動力学シミュレーションで見る赤外自由電子レーザーによるアミロイド線維の破壊」
8. 奥村久士: 2021年11月25 – 27日 オンライン開催 第59回日本生物物理学会年会シンポジウム「Peptide-Membrane Biophysics:
Current Biophysical Studies of Membrane-bound Antimicrobial Peptides and
Amyloid Peptides ペプチド-膜⽣物物理学 : 膜結合抗菌ペプチドおよびアミロイドペプチドの最新⽣物物理研究」「Molecular
Dynamics Simulations for Aggregation and Disaggregation of Amyloid-β Peptides /
アミロイドβペプチドの凝集と解離の分子動力学シミュレーション」
9. 奥村久士: 2021年8月31日 分子科学研究所（愛知） 平等グループセミナー「新型コロナウイルス感染症に対する治療薬および赤外自由電子レーザーによるアミロイド線維破壊の分子動力学シミュレーション」
10. 奥村久士: 2020年12月17日 金沢大学大学院自然学研究科（石川） 数物科学専攻公開講演会 「アルツハイマー病原因物質の分子動力学シミュレーション」
11. 奥村久士: 2020年8月7日 オンライン開催 新型コロナウイルス感染症対応HPCI臨時研究課題記者勉強会「COVID-19ウイルスのRNAポリメラーゼと阻害薬候補の分子動力学シミュレーション」
12. 奥村久士: 2019年11月21日 広島大学放射光科学研究センター（広島） HiSORセミナー「アルツハイマー病を引き起こすタンパク質凝集体の分子動力学シミュレーション」
13. 奥村久士: 2019年11月20日 東京理科大学（東京） FEL-TUS医工融合シンポジウム「分子動力学シミュレーションで見る生体分子の構造変化：アミロイド線維の形成と赤外自由電子レーザーによる破壊」
14. 奥村久士: 2019年11月18 – 19日 生命創成探究センター（愛知） 第2回 ExCELLSシンポジウム「タンパク質凝集の分子動力学シミュレーション」
15. 奥村久士: 2019年8月31日 – 9月1日 豊田工業高等専門学校（愛知） 第９回高分子物理学研究会「Aβアミロイド線維の分子動力学シミュレーション」
16. 奥村久士: 2019年7月17日 九州大学理学部化学教室（福岡） 公開講演会最新化学談話シリーズ令和元年度第1回談話会「分子動力学シミュレーションで見るアルツハイマー病原因物質」
17. 奥村久士: 2019年5月21日 東京工業大学（東京） 第5回北尾研セミナー “Development of replica-permutation method and molecular dynamics
simulations of amyloid-β aggregates”
18. 奥村久士: 2019年3月2日 近畿大学東大阪キャンパス・ブロッサムカフェ（大阪） 第４回DoIKシンポジウム「コンピューターシミュレーションで見るアルツハイマー病原因物質」
19. 奥村久士: 2019年1月16 – 17日 分子科学研究所（愛知） スーパーコンピュータワークショップ2018「アミロイドβペプチドのオリゴマーとアミロイド線維の分子動力学シミュレーション」
20. 奥村久士: 2018年12月25 – 26日 学習院大学計算機センター（東京） 学習院計算機センター特別研究プロジェクト「結晶成長の数理」第13回研究会 結晶成長とモンテカルロシミュレーション「レプリカ置換分子動力学法の開発とアミロイドβペプチドへの応用」
21. 奥村久士: 2018年10月15 – 16日 生命創成探究センター（愛知） 第1回 ExCELLSシンポジウム「分子動力学シミュレーションで探るタンパク質凝集体の構造変化」
22. 奥村久士: 2018年9月20日 福井大学工学部（福井） 化学研究会セミナー「アミロイド線維を形成するタンパク質の分子動力学シミュレーション」
23. 奥村久士: 2018年4月2 – 3日 東京大学物性研究所（千葉） 物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の今と未来」「アミロイドベータペプチドの凝集の分子動力学シミュレーション」
24. 奥村久士: 2018年1月12日 アイビーホール（東京） 企業研究会第31期CAMMフォーラム 本例会「アミロイド線維の生体分子動力学シミュレーション」
25. 奥村久士: 2017年10月27日 大阪科学技術センター（大阪） 近畿化学協会コンピュータ化学部会例会「分子動力学シミュレーションによるアミロイド線維の形成過程と破壊過程」
26. 奥村久士: 2017年6月14日 慶應義塾大学理工学部（神奈川） 物理学科談話会「アミロイド線維の分子動力学シミュレーション」
27. 奥村久士: 2017年5月13日 キャンパスプラザ京都（京都） 第11回革新的量子化学シンポジウム～量子的自然の叡智と美～「アミロイド線維のシミュレーション‐構造サンプリングと非平衡分子動力学‐」
28. 奥村久士: 2017年3月3 – 4日 金沢工業大学（石川） 第2回計算分子科学の若手研究会「分子動力学シミュレーションで調べたアミロイド線維の揺らぎと破壊」
29. 奥村久士: 2017年1月30日 慶應義塾大学理工学部（神奈川） 分子シミュレーションセミナー「pH一定の分子シミュレーション技術などの発展とその応用」「レプリカ置換法の開発とアミロイド線維への応用」
30. 奥村久士: 2016年12月20日 基礎生物学研究所（愛知） 平成２８年度自然科学研究機構若手研究者による分野間連携研究プロジェクト「生物の形態形成の多様性の細胞レベルでの共通原理の解明とそのための統計数理学的方法の開発」に関するミーティング「アミロイド線維の分子動力学シミュレーション」
31. 奥村久士: 2016年10月11 – 13日 加賀観光ホテル（石川） 第3回新学術領域研究「動的秩序と機能」若手研究会「分子動力学シミュレーションの基礎と生体分子の動的秩序形成研究への応用」
32. 奥村久士: 2016年6月16日 三重大学極限ナノエレクトロニクスセンター（三重） 第四回CUTEシンポジウム：コンピュータ化学「分子動力学シミュレーションによるアミロイドβペプチドの集合と離散」
33. 奥村久士: 2016年3月24 – 27日 同志社大学京田辺キャンパス（京都） 日本化学会第96春季年会特別企画「どこまで明らかになったか？自己組織化のメカニズム：アミロイド形成から人工系」「分子動力学シミュレーションによるアミロイド線維の離合集散」
34. 奥村久士: 2016年2月18日 国立長寿医療研究センター（愛知） CAMDセミナー「分子動力学シミュレーションで探るアミロイドβペプチドの凝集、離散」
35. 奥村久士: 2015年10月5 – 7日 西浦温泉ホテルたつき（愛知） 第2回新学術領域研究「動的秩序と機能」若手研究会「アミロイド線維の分子動力学シミュレーション」
36. 奥村久士: 2015年8月4 – 6日 兵庫県立淡路夢舞台国際会議場（兵庫） 新学術領域「動的秩序と機能」全体班会議「親水性/疎水性溶液界面でのアミロイドベータペプチド凝集機構の理論的研究」
37. 奥村久士: 2015年1月29 – 30日 分子科学研究所（愛知） スーパーコンピュータワークショップ2015「アミロイド線維の形成初期過程と破壊の分子動力学シミュレーション」
38. 奥村久士: 2014年11月12 – 14日 仙台市民会館（宮城） 第28回分子シミュレーション討論会 学術賞受賞講演「生体分子系，液体系における分子動力学シミュレーション手法の開発と応用」
39. 奥村久士: 2014年10月30 – 31日 三重大学極限ナノエレクトロニクスセンター（三重） 第二回CUTEシンポジウム「アミロイド線維の破壊と形成初期過程の分子動力学シミュレーション」
40. 奥村久士: 2014年8月4 – 7日 粟津温泉おびし荘（石川） 新学術領域「動的秩序と機能」全体班会議「親水性/疎水性溶液界面でのアミロイドベータペプチド凝集機構の理論的研究」
41. 奥村久士: 2014年6月6日 岡崎統合バイオサイエンスセンター（愛知） 山手イブニングセミナー「キャビテーションによるアミロイド破壊の非平衡分子動力学シミュレーション」
42. 奥村久士: 2014年3月27 – 30日 東海大学（神奈川） 日本物理学会 第69回年次大会 シンポジウム：理論物質科学の最前線：レア・イベントを中心として「タンパク質におけるレア・イベントを効率よく引き起こす分子動力学シミュレーション：拡張アンサンブル法」
43. 奥村久士: 2014年3月4 – 7日 電気通信大学（東京） 計測自動制御学会 第1回制御部門マルチシンポジウム「拡張アンサンブル法によるタンパク質の分子動力学シミュレーション」
44. 奥村久士: 2013年11月20 – 21日 伊良湖ビューホテル（愛知） 山田研究会・統合バイオサイエンスシンポジウム 次世代バイオサイエンスの可能性 要素から全体へ：ポストゲノム時代における統合的生命科学研究はどうあるべきか？「アミノ酸・タンパク質・タンパク質複合体の階層をつなぐ計算分子科学：アミロイド線維形成を理解するために」
45. 奥村久士: 2013年1月25日 日本原子力研究開発機構関西光科学研究所（奈良） 「一部のポテンシャルエネルギーに注目した拡張アンサンブル分子動力学法の開発とペプチドへの応用」
46. 奥村久士: 2012年6月1 – 2日 分子科学研究所（愛知） アジア連携分子研研究会「溶液・ソフトマターの新局面：実験及び理論研究手法の開拓と新規物性探索への展開」「マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学シミュレーションによるタンパク質の温度・圧力変性」
47. 奥村久士: 2012年3月19 – 20日 鳥取大学（鳥取） 自然科学研究機構・若手研究者による分野間連携プロジェクト「非平衡を制御する科学」第２回研究会「タンパク質シミュレーションのための新しい拡張アンサンブル分子動力学法」
48. 奥村久士: 2012年2月10 – 11日 安保ホール（愛知） 「自然科学における階層と全体」シンポジウム「拡張アンサンブル分子動力学法によるタンパク質の温度・圧力変性」
49. 奥村久士: 2011年9月29 – 30日 核融合科学研究所（岐阜） 自然科学研究機構・若手研究者による分野間連携プロジェクト「非平衡を制御する科学」第１回研究会「拡張アンサンブル分子動力学法の開発とタンパク質への応用」
50. 奥村久士，水谷文保: 2011年1月24 – 25日 分子科学研究所（愛知） スーパーコンピュータワークショップ2011「IMSライブラリ構想」
51. 奥村久士: 2011年1月18 – 19日 安保ホール（愛知） 「自然科学における階層と全体」シンポジウム「生体系における分子動力学シミュレーション手法の開発―機構内連携を目指して―」
52. 奥村久士: 2010年10月28日 分子科学研究所（愛知） 第1回「自然科学における階層と全体に関する新たな学術分野の開拓」ワークショップ「分子動力学シミュレーション手法の開発と核融合科学との連携」
53. 奥村久士: 2010年9月14 – 15日 核融合科学研究所（岐阜） 第4回シミュレーション科学シンポジウム「分子動力学シミュレーション手法の最近の進展―プラズマ科学との連携に向けて―」
54. 奥村久士: 2009年11月17日 九州大学大学院理学府化学専攻（福岡） 「新しい拡張アンサンブル分子動力学法の生体系への応用：マルチバーリック・マルチサーマル法と部分的マルチカノニカル法」
55. 奥村久士: 2008年9月20 – 23日 岩手大学（岩手） 日本物理学会 2008年秋季大会 シンポジウム：第一原理計算手法に基づくマルチスケールシミュレーションの展望「生体系における拡張アンサンブル分子動力学法の発展：マルチカノニカル法を越えて」
56. 奥村久士: 2008年7月14日 東京大学大学院工学系研究科物理工学専攻（東京） 伊藤研セミナー「生体系における新しい拡張アンサンブル分子動力学法：マルチバーリック・マルチサーマル法と部分的マルチカノニカル法」
57. 奥村久士: 2007年12月17日 理化学研究所（埼玉） 第5回理論・計算科学セミナー「圧力を制御する拡張アンサンブル法によるアラニンジペプチドの分子動力学シミュレーション」
58. 奥村久士: 2007年8月30日 新潟大学大学院自然科学研究科（新潟） 量子科学特別講義Ⅰ講演会「マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法の最近の成果」
59. 奥村久士: 2007年6月25日 慶應義塾大学理工学部（神奈川） 泰岡研究室セミナー「マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法による生体分子の温度・圧力依存性」
60. 奥村久士: 2006年12月11日 名古屋大学大学院理学研究科（愛知） 物理学教室講演会「圧力を制御する拡張アンサンブル法による生体分子のシミュレーション」
61. 奥村久士: 2005年12月5日 防衛大学校（神奈川） 「定温定圧アンサンブルを生成する拡張アンサンブルシミュレーション」
62. 奥村久士: 2005年11月16日 同志社大学（京都） 第28回溶液化学シンポジウム プレシンポジウム「新しい拡張アンサンブル法－マルチバーリック・マルチサーマル法－による液体の分子シミュレーション」
63. 奥村久士: 2005年2月28日 – 3月2日 京都大学基礎物理学研究所（京都） 京都大学基研研究会：モンテカルロ法の新展開３「マルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルにおけるレナード・ジョーンズ流体のシミュレーション」
64. 奥村久士: 2004年7月21 – 23日 分子科学研究所（愛知） 分子研研究会：分子機能の物理化学－理論・計算化学と分光学による新展開「液体のマルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルシミュレーション」
65. 奥村久士: 2004年5月13日 京都大学大学院理学研究科化学専攻（京都） 液体のひろば14「拡張定温定圧アンサンブルシミュレーション法－マルチバーリック・マルチサーマル法－による液体のシミュレーション」
66.
奥村久士: 2003年10月31日 東京大学大学院工学系研究科物理工学専攻（東京） 宮下・伊藤・藤堂研合同セミナー「新しい拡張アンサンブルシミュレーション－マルチバーリック・マルチサーマルモンテカルロ法－」
67. 奥村久士: 2003年8月3 – 5日 京都府立ゼミナールハウス（京都） 第15回液体の化学夏の学校「体積粘性率の新しい表式：液体水銀の金属－非金属転移領域における異常の解釈」
68. 奥村久士: 2003年4月11日 名古屋工業大学大学院工学研究科（愛知） 名工大物理工学セミナー「２体分布関数と粒子間ポテンシャルを用いて書き表した体積粘性率の新しい表式」
69. 奥村久士: 2002年7月11日 理化学研究所（埼玉） Computational Science Division セミナー「液体の統計力学的性質の理論的研究－気液相転移と体積粘性率－」
他大学での集中講義（3日間）
1.
奥村久士: 2020年12月16 – 18日 金沢大学大学院理工学域（石川） 数物科学系特別講義「分子動力学シミュレーション」
2. 奥村久士: 2019年7月16 – 18日 九州大学大学院理学研究科（福岡） 化学特別講義「拡張アンサンブル分子動力学法と生物化学への応用」
3. 奥村久士: 2018年9月19 – 21日 福井大学大学院工学研究科（福井） 分子科学特別講義「分子動力学シミュレーション」
4. 奥村久士: 2007年8月29 – 30日 新潟大学大学院自然科学研究科（新潟） 量子科学特別講義Ⅰ「分子動力学シミュレーション」
他大学でのオムニバス講義（1コマ）
1.
奥村久士: 2021年5月19日 名古屋市立大学大学院薬学研究科（愛知） 創薬生命科学特別講義「分子動力学シミュレーションで見る病気関連生体分子」
2. 奥村久士: 2017年6月14日 慶應義塾大学理工学部（神奈川） 理工学概論「分子動力学シミュレーション入門」
3. 奥村久士: 2015年10月22日 名古屋大学理学部（愛知） 物性生物物理総合講義「分子動力学シミュレーションを使った研究に取り組んできて」
夏の学校、冬の学校などでの講義
1. 奥村久士: 2022年9月5 – 7日 分子科学研究所（愛知） 第16回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」
2. 奥村久士: 2021年9月7 – 9日 オンライン開催 第15回分子シミュレーションスクール「各種統計アンサンブルの生成法」
3. 奥村久士: 2020年9月4日 オンライン開催 第14回分子シミュレーションスクール「各種統計アンサンブルの生成法」
4. 奥村久士: 2019年9月2 – 5日 分子科学研究所（愛知） 第13回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」
5. 奥村久士: 2018年9月3 – 6日 分子科学研究所（愛知） 第12回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」
6. 奥村久士: 2018年8月27 – 30日 長良川温泉ホテルパーク（岐阜） 第58回生物物理若手の会夏の学校「生体分子動力学シミュレーションの基礎」
7. 奥村久士: 2017年9月4 – 7日 分子科学研究所（愛知） 第11回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」
8. 奥村久士: 2016年10月18 – 21日 分子科学研究所（愛知） 第10回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」
9. 奥村久士: 2015年10月13 – 16日 分子科学研究所（愛知） 第9回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」
10. 奥村久士: 2015年8月31日 – 9月2日 国立大洲青少年交流の家（愛媛） 第27回液体の化学夏の学校「分子動力学法の基礎と液体系・生体分子系への応用」
11. 奥村久士: 2014年10月14 – 17日 分子科学研究所（愛知） 第8回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法」
12. 奥村久士: 2013年10月23 – 25日 分子科学研究所（愛知） 第7回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法、拡張アンサンブル法」
13. 奥村久士: 2012年12月11 – 14日 分子科学研究所（愛知） 第6回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法、拡張アンサンブル法」
14. 奥村久士: 2011年12月12 – 15日 分子科学研究所（愛知） 第5回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「各種統計アンサンブルの生成法、拡張アンサンブル法」
15. 奥村久士: 2011年9月9 – 11日 岡山大学理学部附属牛窓臨海実験所（岡山）第15回分子シミュレーション夏の学校「分子シミュレーションにおける圧力制御，温度制御」
16. 奥村久士: 2010年12月22 – 24日 分子科学研究所（愛知） 第4回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御手法」
17. 奥村久士: 2009年12月15 – 18日 分子科学研究所（愛知） 第3回分子シミュレーションスクール―基礎から応用まで―「分子動力学計算における温度・圧力制御手法」
18. 奥村久士: 2005年8月22 – 24日 神戸セミナーハウス（兵庫）第17回液体の化学夏の学校「分子動力学シミュレーション－基礎から拡張アンサンブル法まで－」
アウトリーチ活動、一般向け講演
1. 奥村久士: 2022年7月1日 岡崎北高校（愛知） 令和4年度あいちSTEMハイスクール研究指定事業「分子研授業～授業の先に何があるのか～」「病気に関わるタンパク質をコンピュータシミュレーションで観察する」
2. 奥村久士: 2021年11月6日 オンライン開催 日本物理学会名古屋支部公開講演会「計算物理学への誘い」「病気に関連するタンパク質に計算物理学で迫る」
3. 奥村久士: 2021年1月19日 オンライン開催 HPCIオープンセミナー「スーパーコンピュータとCOVID-19」「分子動力学シミュレーションで見るCOVID-19ウイルスのRNAポリメラーゼとその阻害薬」
4. 奥村久士: 2017年11月28日 東京大学伊藤謝恩ホール（東京） 日本物理学会2017年度公開講座「物理で探る生物の謎」「分子動力学シミュレーションで探るタンパク質の形と動き」
5. 奥村久士: 2017年10月28日 新宿区立新宿文化センター（東京） 自然科学カフェの集い（第27回）「コンピューターシミュレーションで見るタンパク質」
テレビ出演
1.
NHKニュース 2020年8月31日
「スパコンで新型コロナ研究報告」
新型コロナウイルスのRNAポリメラーゼに薬剤（レムデシビル、アビガン）が結合する過程を解明した成果がNHKニュースで取り上げられた。（右に出演画面）
2.
ケーブルTVチャンネルミクス
2022年7月4日
タウン通信「研究所と連携した理数授業」
岡崎北高校で行った高校生向け授業が報道された。（右に放送された授業風景）
1. 奥村久士，分子シミュレーション研究会学術賞「生体分子系
液体系における分子動力学シミュレーション手法の開発と応用」2014年11月13日.